早在1920年，在香港出生的法國人Charles de Ricou在澳門創辦“澳門空中運輸公司”（Macau Aerial Transport，簡稱“MAT”），但受到香港及廣東等地政府的留難，該公司未能正式投入營運。隨後的數十年，港澳之間的空中航班服務斷斷續續，由最初的水上飛機到現今的直升機，為兩地提供最快捷的運輸方式。

澳門電燈公司（英語：The Macao Electric Lighting Company, Limited，簡稱“Melco”）廠長Charles de Ricou於1919年從美國訂購6架水上飛機，在澳門開辦“澳門空中運輸公司”（Macau Aerial Transport，簡稱“MAT”），是首家在澳門註冊的航空公司。計劃經營澳門至香港及廣州等地的客貨運服務，包括2架Curtiss Jenney HH-16型及4架Curtiss Jenney JN-4型。

首架飛機於1920年2月16日飛抵澳門，並於同年6月與另外4架水上飛機由澳門飛往香港的淺水灣進行一連四天的推廣活動，證明飛機是安全的交通工具。由於MAT受到香港政府的阻攔，飛機在進入維多利亞港範圍後禁止在150呎以上高空飛行。為免在低空飛行期間與船隻發生碰撞，飛機必須在維多利亞港外圍降落，使飛機需額外花20多分鐘才能到達中區海傍靠岸。

適逢孫中山先生需要購入飛機用作日後的北伐戰爭，他在上海得知澳門即將出售飛機的消息，立即派官員前往澳門洽購飛機。當時澳門富商盧廉若聞訊後慷慨捐出9千港元，將其中一架Curtiss Jenney HH-16型水上飛機買下，送給孫中山先生，成為中國革命空軍的第一架戰鬥機。後來革命黨籌得足夠的款項後，把其餘的5架飛機購入，同時把多名飛行員及地勤人員招聘到新建的空軍之中，使革命空軍成為孫中山先生領導的革命軍隊的重要組成部份。

雖然MAT已在澳門半島及氹仔建立飛機維修庫，但由於其未能獲得香港及廣東省的批准，並沒有進行任何商業營運，最後該公司於1922年結業¹。美國企業The L.E. Gale Co. Inc. USA在1931年向澳門租借一幅位於澳門海角遊雲的填海地用作興建飛機維修庫，欲開辦澳門至香港及廣州航線。但該公司派遣的代表所乘坐的飛機隨後在海上失蹤，導致L.E. Gale公司放棄在澳門開設航空公司的計劃。

1928年3月，澳門飛行員賈伯樂護送香港總督夫人及幼子由澳門飛往香港啟德機場；澳門海軍航空場於同年6月14日成立，當時旗下擁有兩架飛機。澳門政府曾在1933年撤銷該軍用航空場，但受到太平洋戰爭的影響，澳門需要加強防務，遂於1937年恢復軍用航空場，把機隊數量增加至6架。為解決水上飛機只能在潮漲時升降的問題，遂於外港興建新的飛機維修庫，並在1941年啟用（飛機維修庫位於現時海立方位置）。在二次世界大戰末期，美軍擔心澳門飛機維修庫及其燃料落入日軍手中而對新口岸飛機維修庫進行轟炸，其6架水上飛機全數被炸毀。

直到1937年4月28日，澳門才正式開通首條空中商業航線。美國泛美航空的Martin（馬丁）M-130水上飛機（中國飛剪號）由美國三藩市啟航，途經檀香山、中途島、威克島、關島、馬尼拉到澳門後，再前往香港。飛機抵達澳門後，停靠在新口岸對出的海面，機上的旅客及郵件需要由駁船接載上岸。中國飛剪號每週一班，每次在澳門停留半小時，由澳門前往香港約需25分鐘，單程票價為20港元，在當時已足夠一家三口一個月的膳食。直至1939年，泛美航空結束澳門的航點，同時調配全新的波音Model 314水上客機執飛香港航線，直至日軍攻陷香港。

在二次大戰結束後，由於澳門沒有陸上機場，改用大型陸上客機的泛美航空再沒有重開戰前的港澳航線。但由於戰後區內金融體系仍然混亂，每日均大量黃金和財物經港澳兩地進出中國大陸，特別是當時澳門並未進行黃金進出管制，國泰航空決定開辦香港與澳門之間的空中航線，在黑沙環馬場（現時祐漢街市一帶）修建一條長約1200公尺的跑道。國泰航空的DC-3客機在1947年1月5日首航澳門，由於降落的環境比預期差，飛機在降落時撞上海邊的堤壩，飛機輪受損，導致飛機最後在草地上著陸。幸好這次事故中並沒有造成任何的傷亡，飛機在澳門完成修復後飛回香港。

然而事故發生後，國泰航空決定從菲律賓引進兩架二戰退役水上飛機“Catalina PBY-5A”，用作經營香港與澳門之間的航線。Catalina PBY-5A設有33個座位，在港澳航線的飛行時間約20分鐘，相比航程4至5小時的輪船，節省了不少時間。由於澳門受面積限制，沒有足夠的土地修建機場。水上飛機既可在水上升降，也能夠在陸地機場升降，是當時的最佳航空交通工具選擇。

受到英國政府的施壓，美澳合資的國泰航空在1948年應政府的要求，讓太古洋行入股國泰航空成為大股東。在國泰重組後，港澳航線被分拆，由原來國泰航空的管理轉為由澳門商人羅保(Pedro José Lobo)、何賢等人合資成立的澳門航空運輸公司(Macau Air Transport Company)經營，使用國泰航空的“格達蓮娜”Catalina PBY-5A水上飛機，並於同年4月4日舉行開航儀式。其中註冊號VR-HDT飛機命名為“澳門小姐號”(Miss Macao)，於4月9日正式首航，單程成人票價為25元（當時乘搭渡輪只需3元）、小童票為15元、兩歲以下為3元，每天約有兩至三個定期航班往返兩地。

可惜在啟航後不久，於1948年7月14日傍晚，4名劫機犯打扮成富豪搭乘“澳門小姐號”航班由澳門外港前往香港啟德機場，在飛機起飛後不久便對飛機進行騎劫，目的是想奪取機上的黃金。期間機組人員作出反抗，最後飛機在珠海九洲港對開海面失事墜海，機上23名旅客及4名機組人員僅一人生還。

其中一名倖存者被附近的漁船救起，並送往山頂醫院救治。在搜索期間，澳門治安警察廳發現這宗“意外”並不尋常，後來發現這宗不是一般的空難，而是他們從未遇過的劫機案件。雖然澳門警方立即將唯一的生還者黃裕拘捕，並控告他劫機及殺人等罪名，但由於飛機在香港註冊、沒有證人、沒有針對劫機的法律，加上飛機在中國內地水域出事，以及港府質疑澳門的調查程序，結果三地政府均不願接手這宗案件。

黃裕被監禁10個月後，法院宣佈把他送回中國內地，當他獲釋走出監獄時卻被射殺。英國獨立電視(ITV)在製作關於劫機記錄片時，其資料顯示全球首宗劫機事件於1931年2月21日在秘魯發生，而澳門小姐號劫機事件則是全球首宗有人命傷亡的劫機事件。劫機事件後，澳門航空運輸公司於同年10月10日復航，直至1949年停航。

1961年，澳門航空運輸公司創辦人之一“羅保”的兒子從意大利引進5座位的Piaggio P-136L水上飛機，每日四個航班往來澳門外港與香港啟德機場，飛行時間約15分鐘，單程票價為港幣50元。澳門旅遊娛樂有限公司附屬公司“信德船務”於1963年向意大利Rodrigues船廠引進PT-50高速水翼船，並於1964年投入營運，使港澳海運正式進入高速船年代，往來兩地的海上航程縮減至1小時15分。

由於飛機票價較為昂貴及其在九龍啟德機場降落，不及客輪靠泊在中環方便，縱使澳門賭王何鴻燊隨後收購澳門航空運輸公司，然而水上飛機最終失去足夠的競爭力而停航，直至1990年才以直升機恢復兩地間的空中航線服務。在2010年代，曾有商人提出採用營運成本較低廉的18座水上飛機，用於執飛澳門和香港的航班服務。但由於各種因素，其計劃未能實現。

由澳門旅遊娛樂有限公司與日本的Chiyoda Trading和Royal Airlines合資的亞太航空於1988年7月成立，並獲得航空經營許可證。到1990年11月使用2架貝爾(Bell) 222直升機首航香港，當年的停機坪分別設在舊外港碼頭（現時漁人碼頭），以及上環港澳碼頭（信德中心）。該機設有8個座位，由澳門前往香港約需20分鐘，初期提供每天6班往返澳門及香港的直升機日間航班。

位於國際中心對面的舊碼頭設施不敷應用，澳門政府於1988年決定在水塘以南填海興建一座全新客運碼頭，其上蓋為可同時停泊3架直升機的大型直升機停機坪，並設置先進飛行設備。新外港客運碼頭於1989年動工，1993年10月31日由葡萄牙總統馬里奧．蘇亞雷斯揭幕啟用，直升機服務也遷至新碼頭，同時增設夜間的航班服務。

1997年，何鴻燊於香港成立港聯直升機，並與亞太航空進行結盟，同時引進“西科斯基”Sikorsky S76+直升機用作替換舊有的貝爾222直升機。到2002年12月，澳門至深圳機場定期直升機航班正式開通，開始時每天提供4個來回航班。

何鴻燊於2007年取得上環港澳碼頭直升機場的新租賃合約，為期18年，並計劃斥資2億港元，對上環港澳碼頭直升機場進行擴建（停機位增至2個），以及花費約5億港元訂購6架在意大利製造的“阿古斯塔威特蘭”AgustaWestland AW139直升機。到2008年11月，港聯直升機及亞太航空採用全新品牌“空中快線直升機有限公司”，並於2009年接收兩架全新阿古斯塔威特蘭AW139直升機。新機每架價值1億港元；為提升旅客舒適度，其座位數量由原來15個減至12個。

註冊號B-MHJ的空中快線AW139直升機，在2010年7月3日中午12時執飛EMU2航班由香港上環飛往澳門時，起飛後不久失去控制，飛行員迅速把直升機進入自轉狀態，在受控的情況下迫降海上，機上載有2名機組人員和11名乘客，所有人員全部獲救，部份乘客受輕傷。事後空中快線暫停所有航班服務，並對其他同型號直升機進行詳細檢查，直至7月7日獲得香港民航處及澳門民航局批准復航。負責調查的香港特區民航處在2014年發佈最後調查報告指出，意外由尾槳槳葉斷裂引起，致使直升機迫降海面。

直升機的營運成本高昂，天氣因素增加了直升機的營運成本。在日間飛行的能見度必須要達到3公里以上，晚間則為5公里以上；雲層在日間不能低於600呎，晚間則不能低於1,200呎。惡劣天氣下，直升機公司更需要為旅客提供海路及陸路前往目的地。

受新型冠狀病毒疫情影響，香港特別行政區行政長官林鄭月娥宣佈於2020年2月4日關閉香港多個出入境口岸，包括上環港澳碼頭，由此暫停港澳之間的直升機及渡輪服務。香港碼頭關閉後，空中快線及兩家船公司處於停航狀態。直至2020年7月，澳門特區政府宣佈在第二期“心出發．遊澳門”推出“直升機飛天體驗之旅”，由於反應踴躍，報名名額由700個增至1,584個，並增加出團日數。

澳門特區政府已計劃在氹仔客運碼頭開辦跨境直升機服務，澳門民航局局長陳穎雄於2019年初曾表示，爭取在2020年底啟用，並計劃將外港客運碼頭的直升機場遷往氹仔客運碼頭。雖然氹仔客運碼頭於2017年落成啟用時已完成1個直升機降落位及5個直升機停機位，但相關的配備工程還未完成。有關當局在2017年把氹仔北安臨時碼頭拆卸後，隨即開展氹仔客運碼頭第三期擴建工程，工程包括建造消防船屋、燃油碼頭、燃料儲存設備及加油系統、VIP 通道及海空聯運通道等。待整個供油系統工程完成後，氹仔客運碼頭的直升機場才可進行商業營運。