正德十六年(1521年2月7日─1522年1月27日)5月，又一批葡萄牙船來到東涌港。這批葡船為中國式帆船，一共5艘，一艘屬於暹羅國王，一艘屬於北大年國王，其他分別屬於彿蘭西斯科•羅德里格斯(Francisco Rodrigues)、歐維士(Jorge Álvares)及努諾•曼努埃爾(Nuno Manuel)。因船上的貨物尚未脫手，故希望進入廣州貿易。當時廣州大使已得到葡使在京受到世宗冷遇及要驅逐他們回國的消息，故以假口信哄騙葡商們上岸，並帶至南頭，然後抓捕。因為是分開來的，今天一艘，明天一艘，最後無一倖免。在南頭，廣東官府將船長、水手長、領航員及商人斬首，船上貨物大部份以海盜贓物充公，還有一部份則被布政使和按察使汪鋐及南頭備倭等官員瓜分。5艘船則分別分給了占城人、馬來人和暹羅人。巴爾托羅梅烏•蘇亞雷斯(Bartoloméu Soares)、 洛博•哥依斯(Lopo de Góis)及梅爾古良(Mergulhão)神父等20餘人被斬首，其中還有幾位暹羅人，其罪名就是夾帶葡人來華，另外被俘的葡人則被投進廣州的監獄。為了防止布政使及按察使汪鋐等官員侵吞葡人財物的消息外泄，他們下令不得放走一個葡萄牙人，並決定殺人滅口，杜絕後患。梅爾古良神父應是迄今文獻所載明代第一個進入中國的天主教神職人員。卡爾沃：《廣州葡囚信》，第84—85、102頁。

嘉靖十二年(1533年1月25日─1534年1月13日)本年，馬六甲要塞司令保祿•伽瑪(Paulo da Gama)長期與鄰國交戰後，派特使曼努埃爾•郭丁紐(Manuel Godinho)分別與彭亨、北大年締結和約，並對他們說：葡萄牙人再度去中國做生意，並在閩浙沿海發現了50個好過廣州的港口。從這一年開始，葡萄牙商人又開始頻繁往來於中國沿海，一位佚名葡萄牙船長來到廣東舊港碼頭東涌並在此交了關稅，接著，準備給向廣東收稅官員送一隻紅寶石戒指，價值40克魯紮多，還有其他一些首飾，官員不但不收，還下令要懲處他。且言：中國正直官員是不收受賄賂的，尤其不收外國人的賄賂。Fernão Lopes de Castanheda, História De descobrimento e da Conquista da Índia pelos Portugueses, Vol. VIII, CHLXVI.Raffaella D'Intino, Informações das cousas da China, p. 60.

萬曆四十三年（1615年1月29日─1616年2月16日）2月21日，菲利浦三世致信葡印總督，囑咐澳門葡人興建城牆和炮台時不要招致華人發怒。Documentos Rernetidos da India ou Livros das Monções, Vol.1, p.149.

嘉靖十九年(1540年2月8日─1541年1月26日)11月，法里亞•索薩船隊抵達漳州港，在那裡又遇到從雙嶼返回的5艘葡萄牙大船。據從雙嶼來的葡萄牙人說，那裡有許多越冬的葡萄牙人，還有葡人不斷從馬六甲、巽他(Sunta)、暹羅和北大年來，他們在那裡做生意。費爾南•平托：《遠遊記》第57章，第166─168頁。

萬曆五年（1577年1月19日─1578年2月6日）澳門有2艘葡萄牙大黑船赴長崎貿易。G. B. Souza, The Surviral of Empire: Portuguese Trade and Society in China and the South China Sea, 1630—1754, p. 55.

崇禎元年（1628年2月5日─1629年1月23日）11—12月，澳門有1艘帆船駛抵望加錫貿易，於第二年5月離開。另有2艘澳門船赴馬尼拉貿易。G. B. Souza, The Survival of Empire: Portuguese Trade and Society in China and the South China Sea, 1630—1754, pp. 94—95.G. B. Souza, The Survival of Empire: Portuguese Trade and Society in China and the South China Sea, 1630—1754, p. 75.

天啟二年（1622年2月10日─1623年1月30日）11月1日，耶穌會駐澳門司庫維埃拉卸任，由陸若漢出任教區駐澳門司庫，至1623年12月。高瀬泓一郎：《キリシタン時代対外関係の研究》，第387頁。

崇禎四年（1631年2月1日─1632年2月19日）6月，陸若漢神父在登州與離京返國的朝鮮鄭鬥源使團相遇。該使團共39人，李榮後為通事。耶穌會拓展朝鮮的傳教早在計劃之中，萬曆四十七年（1619）時，徐光啟與畢方濟曾策劃前往朝鮮傳教旅行。故陸若漢在登州與朝鮮使團的會晤，應該是耶穌會有意安排。在這次會晤中，陸若漢向朝鮮使臣積極宣傳西學，鄭鬥源還安排李榮後向陸若漢學習西洋天文推步法。朝鮮使團在登州啟程時，陸若漢還給朝鮮國王贈送了一批極為珍貴的禮品：《天文圖》、《南北極圖》兩幅、《天文廣教》兩幅、《萬國全圖》五幅、《紅夷炮題本》一冊、千里鏡一部、日晷觀一座、自鳴鐘一部、火炮一門和《治曆緣起》二冊，利瑪竇《天文書》一冊、《遠鏡書》一冊、《千里鏡說》一冊、《職方外紀》一冊、《西洋國風俗記》一冊、《西洋國所獻神威大銃疏》一冊。《李朝仁祖大王實錄》卷24，崇禎四年甲申；安鼎福：《雜同散異》第22冊《與西洋國陸掌教若漢書》。金尚喆等撰：《國朝寶鑒》卷35，轉引《朝鮮西學史研究》第2章，第65頁。

天啟二年（1622年2月10日─1623年1月30日）10月26日，澳門致菲利浦三世信稱，當時聖保祿學院有100多名修士及神父。並稱，日本每年從馬六甲海關獲得1000克魯紮多，用於設立一個學院，日本學院可在對日貿易船隊中販運50擔生絲。中國教區則可從馬六甲海關臨時支取2000克魯紮多，而在他們航行所販賣的貨物出售後歸還。還稱，日本和中國教區在澳門有300兩白銀的屋鋪收入，這兩個教會共有8000兩白銀作為資本，投資於對日貿易。里斯本海外歷史檔案館，澳門，第1函盒，1622年10月26日致菲利浦三世信函。