万历三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，钦差总督广东珠池市舶税务兼管盐法太监李凤与信官王权、梁宗翰等人主持，由澳门四街华商出资重建妈阁庙“神山第一亭”完成。澳门“四街”即“十字街”，这是一条纵街与一条横街交叉而成的十字街，被明廷分别命名为“畏字街”、“威字街”、“怀字街”、“德字街”。这十字街本是诸夷建造居住。后多为华商租赁，葡人居楼上，唐人居楼下。

嘉靖四十四年(1565年2月1日─1566年1月20日)本年，戈伊斯使团文书若奥•埃斯科巴尔在澳门撰写《关于至高至强之塞巴斯蒂昂国王派往中国使节团的述评》一书，记录了1564年广东副总兵汤克宽曾派官员到澳门与葡萄牙人洽商一事，其中还记录了澳门妈阁庙：“事情至此，那位官员派人对唐•若奥(D. João)说，他将登岸到庙中与其会面，将事议妥。为不耽误时间，请他也照做。唐•若奥认为此议甚好，前往该地会面。它位于村落的端点，面对大海。”这座位于澳门“村落的端点、面对大海”的庙就是妈阁庙(Templo de A-Má)。妈阁庙始建于何时，目前尚无明确的文献证据，但这一条史料可以证明，嘉靖四十四年(1565)前澳门即有妈阁庙。而且，广东官府利用这一庙宇作为与葡人首领会晤的地点，亦可说明当时的妈阁庙即已具备“官庙”的性质。林旭登《葡属印度水路志》采用1587年以前的资料描写澳门内港景象称：从澳门启航，你们在东北方向可以看见一座山(对面山)上有一白色标记。东边还有两个山丘。在第二座山丘(凤凰山)与山之间的那个丘陵(青洲)完全秃裸。见到它后，你们要在位于水道中央的沙梨头的岩石及礁石之间穿行。该水道位于当地最后一批大宅附近。一到这些房子处，你们可以看到第三座山岗(妈阁山)。靠近该地岬角处称官庙(Verella dos Mandarins)。上述山丘几乎完全秃裸。此处水深5托。往大海方向，水半深。过了这个岬角，水面加深，可至5或6托半。按此方法航行，你们可以见到马骝洲对面隆起的陆地。林旭登所言之官庙亦应为妈阁庙。

清道光九年（1829年2月4日─1830年1月24日）本年，妈阁庙重修完工。此次重修，由妈阁庙执事赵允菁、谢怀德、林钦怀等30人发起，得到广东水师提督李增楷、香山协镇将徐世雄、澳门同知鹿亢宗、香山知县刘开域及粤海关澳门总口、各税口省城谢东裕行、伍治光堂、潘同孚行等官商支持。合共收到捐银7000余两。其中，澳门士商捐银3674两8钱3分5厘。重修工程始于道光九年（1829）仲夏，至季冬已告完工，道光十年（1830）又增修客堂僧舍。“至是，隘者拓之，崎岖者曲折平之，天光水影，瑞石交辉，栋壁坚牢，美轮美奂。规模式焕，旁为之翼盖。至是而朝晖夕阴，气象一新。”道光乙丑的《重修妈祖阁碑志》，转自谭世宝：《金石铭刻的澳门史——明清澳门庙宇碑刻钟铭集录研究》，第50—59页。

道光二十七年（1847年2月15日─1848年2月4日）5—6月，在澳闽潮商人于妈祖阁正觉禅林内立《香山濠镜澳妈祖阁温陵泉敬堂碑》，立碑人为温陵泉敬堂董事王绍云、陈源和、沈天奎等16 人，撰碑人为广东提刑按察使督粮道调任雷琼兵备道黄宗汉。碑文称：“天后庙者，相传明时，有一老妪自闽驾舟一夜至澳，化身于此。闽潮之人商于澳者，为之塐像立庙，并绘船形，勒石纪事。迄今闽之泉漳、粤之潮州飘海市舶，相与祷祈，报赛为会于此。”报导了天后庙创建原始。