萬曆三十一年（1603年2月11日─1604年1月30日）12月24日，新聖保祿教堂正式落成。教堂有160掌長，84掌寬。正面3座大門朝南洞開。石砌牆壁約50掌。堂身依三路伸展構成3個祭堂，即一個主堂及兩個側堂。數個祭堂沿教堂兩側排列，後部左右兩翼各有一祭壇：聖靈壇與聖米格爾堂。聖堂供奉《聖母瑪利亞升天圖》。主堂長62掌，寬44掌，唱詩壇旁擺放兩台風琴。教堂旁還建有一座鐘樓，其大鐘是由後來法王路易十四（Louis ⅩⅣ）贈送。1637年到澳門的英國旅行家彼特•芒迪（Peter Mundy）參觀該教堂後稱：“教堂屋頂是我見過最漂亮的拱形建築。中國人巧奪天工，木制雕刻以新奇古怪的紅、藍等色彩勾畫得美輪美奐。整個穹窿為若干四面體，而每個四方形之間以巨大玫瑰花和綠葉重疊相連。”教堂工程由瓦倫廷•卡瓦略神父主持，設計師為卡羅斯•斯皮諾拉（Carlos Spinola），但斯皮諾拉卻未看到自己設計的成果，於1602年7月就已經赴日傳教，他在澳門停留僅1年10個月。

萬曆三十年（1602年1月23日─1603年2月10日）聖保祿教堂重建奠基，由佩德羅•卡瓦略神父主持。這次重建的奠基石碑至今猶存：Virgini Magnae Marti Civitas Macaensis Libens posuit An. 1602. 意思是：1602年澳門市民為童貞天主聖母所建。