嘉靖二十一年(1542年1月16日─1543年2月3日)5月14日，法里亞•索薩船隊離開雙嶼，前往卡倫普盧伊島。

嘉靖十八年(1539年1月20日─1540年2月7日)6月5日，費爾南•平托隨同葡萄牙艦隊駛抵馬六甲。

嘉靖十九年(1540年2月8日─1541年1月26日)10月4日，教宗保祿三世發佈兩道簡諭，任命彿蘭西斯科•沙勿略及狄奧戈•羅德里格斯為教廷派遣東方各王及長老約翰的大使。

嘉靖三十九年(1560年1月27日─1561年1月15日)1月22日，王直伏誅。先是，閩浙總督胡宗憲將王直母、妻及子為人質，遣人赴日本招王直降。王直在胡宗憲重金勸誘及人質脅迫下，率其黨至定海納款。胡宗憲疏報朝廷，嘉靖帝詔令斬之於市。王直，原名鋥，號五峰，徽州歙縣人。

嘉靖三十二年(1553年1月14日─1554年2月1日)海盜葉宗滿勾引倭夷來市浙海，見浙江水師戒備森嚴，遂往廣東，市於南澳。

嘉靖十九年(1540年2月8日─1541年1月26日)6月2日，平托乘坐的法里亞•索薩(António de Faria de Sousa)的船隊來到海南島的卡莫依海灣(Camoy Gulf)，這是一個為明宮廷採集珍珠的地方，他們冒充暹羅商人進港，當地人見他們是外國人，不懂當地的習俗與法律，立即勸他們離開。根據廣海都統的規定，這裡只允許採珠船進出，其餘船隻只要被發現，立即燒毀船隻，處死來人。

嘉靖二十三年(1544年1月24日─1545年1月12日)4月29日，第二批耶穌會傳教遠征隊從羅馬出發前往果阿，但被迫返回並改組。

嘉靖二十年(1541年1月27日─1542年1月15日)12月，法里亞•索薩的船隊及費爾南•平托抵達雙嶼港。雙嶼港是由兩個相對的島嶼組成，距當時葡萄牙人的貿易點3里格。那是葡萄牙人建立在陸地上的村落，房屋逾千，居民有3000人，其中葡萄牙人達1200人。島上有葡萄牙的市政官、巡迴法官、鎮長及其他六七級的法官和政府官員，還有六七所教堂。島上十分富庶，葡萄牙人的買賣超過300萬金，島上有些房屋的造價已高達3000～4000克魯紮多。為了迎接法里亞•索薩船隊的到來，島上葡萄牙人舉行了盛大的歡迎宴會，席間還有文藝演出，一出中國戲，一出葡萄牙戲。朱紈記錄的雙嶼港為“東西兩山對峙，南北俱有水口相通，亦有小山如門障蔽，中間寬闊二十餘里，藏風聚氣，巢穴頗寬”。費爾南•平托所言之Liampó，即中文文獻中的“雙嶼”，這一點已經被許多專家學者所證明。關於費爾南•平托所記雙嶼港的城市規模及葡人在島內的行政建制，至今未獲考古資料驗證。但從朱紈《甓餘雜記》的記載中可以找到費爾南•平托所記的旁證。葡人來雙嶼始於嘉靖初，至此已近20年。以澳門開埠20年時間比證，雙嶼港在葡人20年的建設下發展成如此規模是可信的。 費爾南•平托：《遠遊記》第68章，第196─198頁。[2]朱紈：《甓餘雜集》卷4《雙嶼填港工完事》。[3]方豪：《16世紀浙江國際貿易港Liampo考》，載《方豪六十自定稿》，第91─121頁；張增信在《明季東南中國的海上活動》第237頁中認為，雙嶼即今舟山島西南灣內的“盤峙”與“長峙”二島；錢茂偉的《雙嶼港歷史新探》(載《浙江海洋文化與經濟》第2輯)和龔纓晏的《中國古地圖上的雙嶼》(未刊稿)認為，雙嶼應是六橫島，朱紈的《甓餘雜記》卷4稱“陸洪山”，鄭若曾的《籌海圖編》卷1稱“陸奧山”。參見湯開建：《平托〈遊記〉Liampo紀事考實》，載《澳門開埠初期史研究》，第27─57頁。[4]湯開建：《平托〈遊記〉Liampo紀事考實》，載《澳門開埠初期史研究》，第27─57頁。長期以來，浙江地區考古工作者對雙嶼港地區進行了多次調查，但從未發現與葡萄牙人相關的遺跡和文物。2009年北京大學林梅村教授在陸奧山(大尖峰山)進行考古調查，發現一異域風格的浮雕石碑，林先生懷疑為葡人在雙嶼港所建教堂之遺物。這一發現十分重要，但有待進一步深入。參見林梅村《六橫島訪古》，載《澳門研究》2010年第1期(待刊)。

嘉靖二十二年(1543年2月4日─1544年1月23日)9月23日，王直引葡萄牙人費爾南•平托、克里斯托翁•博拉略(Cristóvão Boralho)及迪奧戈•澤依莫托(Francisco Diogo Zeimoto)等航行赴日貿易，途遭到颶風，漂流到種子島。島上守官古市長門守(ふる いさなかとのがみ)對迪奧戈等3人十分熱情與尊敬，迪奧戈則以所帶火槍相贈。古市長門守給葡人1000兩白銀並請他們教他如何製造火藥。火槍遂傳入日本。五個半月後，島上仿製火槍已有600餘支。