1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區， 經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。 當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年， 當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807年“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemos e Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。澳門當局立即通過理事多有支持襄助。抗日戰爭期間，在澳門創辦兵災慈善會，被選為主席，首捐6000餘元為倡， 結果募集10餘萬金，為抗日救亡工作作出了貢獻。

19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23 日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

1840年（ 清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。

1839年（清道光十九年）9月25日和10月15日在澳門舉行的中英兩次談判破裂後，英軍接連向中國水師挑釁。面對中英戰事一觸即發，林則徐積極進行戰爭準備，看到澳門地位較為重要，加緊在澳門地區佈防，發兵對澳門的水陸加以防範。先是奏請朝廷將升任南澳鎮總兵的惠昌耀暫留香山協任，撥發水陸兵士數百人往澳門附近各要隘佈防。又奏請朝廷批准新授廣東高廉道台的易中孚暫駐澳門，以粵海關監督行署為駐地，直接節制駐前山寨的內河水師都司及其率領的363名士兵， 以及進泊澳門內港的水師船，由高廉道台易中孚督同澳門同知、香山縣丞等稽查，“斷絕英夷冒混，緝拿漢奸接濟”，守衛澳門關閘內外的中國軍隊達1300人。當英國艦隊抵達澳門附近海域後，林則徐又增派督標參將波啟善、署肇慶副將多隆武、署撫標守備程步韓等，率領督撫兩標官兵及惠昌耀所率水師前往增援，水陸官兵達2000人左右。向澳門所派駐的是道台、總兵一級的高級官員，説明當時澳門地位的重要性。

1839年（清道光十九年）3月，在全國規模的禁煙運動進入高潮中，欽差大臣林則徐一再通過澳門同知諭令澳葡當局禁煙。澳葡總督邊度等不敢公然違抗，一面催促澳門的鴉片商販速將囤存的鴉片運離澳門，一面發佈禁止在澳門囤貯、售賣鴉片的告示。1839年3月26日，居澳鴉片販子將近3000箱的大宗鴉片運往馬尼拉，但仍有不法奸商在澳門繼續售賣留存的鴉片，被中國軍隊查獲。4月25日，林則徐限令澳葡當局在3日內查明澳門所貯鴉片，開出貨主、箱數，呈交澳門同知收納，否則將“封澳檢查，以重懲創”。澳督邊度忙下令搜繳鴉片，搜到葡人亞思時的一些零星煙土，在碼頭燒毀，並將其法辦；還查獲英國鴉片販子因義士偷運的8 箱煙土。5月底，林則徐又命署佛山同知劉開域和署澳門同知蔣立昂等人人澳，督同澳葡當局搜查可能囤貯鴉片的“ 夷樓”，命令葡商具結，切實保證不再貯存、販賣煙土，否則，依新例治罪。澳葡當局表示順從、合作，澳門禁煙運動取得一定成果。

清嘉慶年間葡人欲以加租驅趕華人遭制止事件。蕉園圍，與荷蘭園毗連，位於澳門城以北，原不屬澳葡居地。後來，一些有錢的葡萄牙人逐漸購入澳門界牆以北的土地，租借給陸續來澳的中國居民。1799年（清嘉慶四年），葡人業主萬威向租居蕉園圍的中國居民大量加租，欲以這種辦法將華人居民趕走，遭拒絕後，萬威在澳葡當局的支持下，率領黑奴用暴力拆毀蕉園圍閘門，香山縣令李德興根據澳門華民的控狀，要求澳葡當局予以禁止，但無效。後許乃來繼任香山縣令，通知澳葡當局，如不對蕉園圍華人停止迫遷，重修閘門，中國官府將採取封閉關閘，停止糧食供應等。在這種壓力下，蕉園圍加租迫遷事件才停止下來。

一起英國人被澳葡當局囚禁的事件。1829年（清道光九年）8月，英國船長貝克（Baker）毆打多次對他妻子非禮的澳葡官員洛雷羅（Loureiro）。事發後，澳葡當局未加審判，便將貝克囚禁於大炮台。英國東印度公司特別委員會主席布樓東（Plowden）屢次與澳葡當局交涉都不能使貝克獲釋。澳葡當局還公開否認布樓東有任何官方或代表官方的資格與他們交涉。在囚禁55天後，貝克被迫交出一筆保證金才重獲自由。

清嘉慶年間（1796～1 820）兩廣總督吳熊光和廣東巡撫孫玉庭因英軍入駐澳門事被革職一案。1802年（清嘉慶七年）3月，英國以協助葡萄牙防守為名，派兵船6艘、官兵數百駛抵氹仔海面，準備登陸澳門。由於澳葡當局及廣東官府的拒斥，英艦主動撤退。1808年，英國借口法國要侵佔澳門，派海軍少將度路利（William O' Brien Drury）率9艘兵艦於9月11日抵達澳門港口。最初，葡人抵抗，拒絕英軍登陸，後經英國東印度公司澳門分公司經理斡旋，於9月21日准許英軍登陸，300多名英國士兵入駐東望洋山炮台、南灣炮台及被封閉的聖保祿學院等處。10月下旬，英國又從印度調來軍艦，兩批共計兵艦13艘，兵員760人。為了欺騙中國官府，英艦一律懸掛葡萄牙國旗，士兵則改穿葡兵制服，又佔據媽閣炮台、嘉思欄炮台及聖奧斯定敎堂等處。面對英軍入據澳門這一重大事變，吳熊光及孫玉庭均掉以輕心，並未積極採取措施。直到度路利於10月下旬率3艘兵船闖入虎門、進逼黃埔，要求清政府同意英軍在澳門駐防，才向朝廷稟報情況，而且是作一般公文發出。嘉慶帝直到11月中旬才獲知澳門發生的事變，大為震怒，急令廣東方面迅速斷絕澳門一切供應，封鎖交通，調集水陸軍隊，準備驅逐入駐澳門的英軍。在中國政府的壓力下，英軍於12月18日全部撤離澳門。事後，清政府鑒於吳、孫兩人對英軍入據澳門之事嚴重失職，將其革職。

1574年（明萬曆二年），明朝政府在澳門半島與內地相連的沙堤——蓮花莖的中段（今關閘馬路中段），設置關閘一事，史稱“莖半設閘”。此座中式城樓形式的關閘，位於澳門與內地之間的險要處，扼內地通往澳門的陸上咽喉。開始時每5日開啟一次，設官兵把守，成為限制民夷出入之要隘。後逐漸成了一個重要關卡，至清代則由幾日開啟一次變成日日開啟的“官關”。1673年（清康熙十二年）改為“關閘汛營”，由前山派兵駐守。至道光年間（1821～1850）林則徐任欽差大臣時，關閘更由重兵鎮守。後來，關閘變成了邊界，不僅限制洋人出入境，更禁止居澳葡萄牙人擅自越過關閘到前山打鳥。1849年的關閘事件中，關閘城樓首次被葡兵佔領，延至1870年（清同治九年），澳葡當局竟將關閘城樓拆毀，夷為平地。蓮花莖古關閘存世近300年，只餘關閘城樓刻着“關閘門”3個字的匾額，迄今仍鑲嵌在民政總署大樓入口大堂的牆上作為古關閘的唯一證物，也成為殖民擴張的歷史見證。

18世紀60年代，葡萄牙本土在著名政治家龐巴爾（Marques Pombal）侯爵領導下進行了一場改革，其中一項很重要的措施就是取締耶穌會。1762年（清乾隆二十七年），澳葡當局根據葡萄牙的命令，也鎮壓澳門的耶穌會。耶穌會擁有的一切財產，包括聖保祿教堂，都被沒收，聖保祿神學院和聖約瑟修院也被封閉，學員均被驅散，聖保祿神學院圖書館在近兩個世紀內大量收藏的珍貴圖書，全部被賤賣。24名耶穌會士被押送里斯本，關在聖朱利安堡壘。

華人被澳葡軍人殺害事件。1826（清道光六年）年初，在澳門的華人少年嚴亞照被葡萄牙少校法瓦喬（Favacho）殺害，其母嚴徐氏向香山縣府指控殺人兇手。香山縣府要求澳葡當局將被告送交香山縣丞衙門審訊。澳葡當局訛稱“兇手”是帝汶奴隸麥努埃爾，聲稱兇手應按葡萄牙法律判罪。嚴徐氏即至廣州上訴，兩廣總督阮元派廣州知府高廷瑤去澳門查處，高廷瑤多次向澳葡當局索取兇犯，仍遭拒絕，僅讓中國官員在澳門獄中面訊“罪犯”。結果，中國官員確認此人因醉酒殺人，澳葡當局又堅持照葡萄牙法律處決罪犯。3月13日，在澳門絞死這名帝汶奴隸時，聚集在刑場上的居澳華人發生暴動。他們認為被處決者無罪，兇手卻逍遙法外，還用磚石投擲中葡官員，搗毀法瓦喬的住宅，甚至準備衝擊大炮台。澳門總督出動配備有野戰炮的軍隊及炮船，並擊斃了一名中國居民，才勉強鎮住局勢。居澳華人還要求中斷對澳門葡人的糧食供應，因中國官府的阻撓而未能成功。

18世紀末，在廣東、廣西沿海活動的海盜急劇增加，澳門受到中國海盜的嚴重騷擾。當時澳葡當局僅擁有兩艘武裝船，只能守衛澳門的港灣，不足以捍衛澳門附近的水域。在珠江口一帶，海盜不僅在澳門炮台射程範圍內劫掠中國商船，還打劫外國的舢舨小船，綁架外國商人。1807年（清嘉慶十二年）2月14日深夜，一隊海盜直接偷襲澳門。他們自澳門半島北部登陸，直奔東望洋山，企圖佔據可以控制全澳的東望洋山炮台。守衛炮台的士兵發現後，迅速開槍射擊， 把他們趕走。1807年5月6日，由海軍少校巴雷托（Barreto）指揮下的澳門小艦隊在澳門附近海域與50艘海盜船遭遇。海盜在人數方面佔壓倒優勢，葡萄牙人則善於使用火炮、火槍。經過1小時激戰，海盜被擊敗，四處逃遁。葡萄牙人緊咬海盜頭目的大帆船不放。最後，巴雷托與30名船員跳上海盜頭目船，用劍與海盜格鬥，海盜多被砍死，其頭目也跳海自殺。這場惡戰後，海盜暫時停止了對澳門的直接騷擾，但不久又恢復了在澳門附近的活動。1809年，一艘來自果阿的葡萄牙雙桅船在澳門附近水域遇上了海盜紅旗幫的主力，該船被海盜劫獲，船長和大部份船員均被殺死，還將葡萄牙國旗在海面上拖曳，誇耀他們的勝利。不久，一艘葡萄牙快艇又被海盜船圍攻，死傷慘重。葡萄牙人急於報仇，派阿爾科弗雷多（Alcoforado）指揮兩艘武裝船出海。9月15日，與紅旗幫一支船隊相遇，雙方激戰，各自都受到很大的損失，葡船多處被擊傷，已無法繼續作戰。通過多次與海盜的較量，葡萄牙人明白單靠自己的力量是不可能排除海盜侵擾的。

1744年（清乾隆九年），第一任澳門同知印光任走馬上任後，針對過去香山縣官府對澳門管轄不嚴的狀況，制定7條治澳的措施，以加強對澳葡的管理和對洋船進出港口的控制。其主要內容可歸納為4個方面：①加強稽查途經澳門、出入珠江的外國商船；②加強對在澳門的中國商販、工匠的管理；③加強對在澳葡萄牙人的管理；④協調附近駐軍對澳門地區的巡防。此後，他還制訂了有關禁止在澳的中外人販賣人口的詳細條例；對犯罪的葡人應如何審判、處刑的條例；重申了清政府禁止華人入敎的禁令，並採取了查捕來澳入敎、禮拜的華人，限令在澳的中國教民於一年內“首報回籍”等措施。

明朝官兵在廣東新會沿海繫退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘， 均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。

1661年（清順治十八年），清政府為消滅台灣鄭成功率領的抗清武裝，決定實行海禁， 封鎖台灣， 並頒佈遷海令，將粵、閩、浙等沿海地區居民遷入內地30里或50里。澳門亦在內遷之列。1662年，澳葡當局接到夷平各個炮台，以免被鄭成功佔據的命令。後因順治皇帝身邊的傳教士湯若望、龐迪我等人請願斡旋， 一再申稱“ 澳門有功於國”，並表示葡萄牙人自己能夠對付“海盜”，才使清政府收回成命，並將香山縣遷海之界線就劃在前山寨、北山、閘口一帶，澳門島始獲免遷。由於實行海禁，澳門反而受益，得以對外開放，繼續對外貿易，成為中國保持對外貿易聯繫的一個主要港口。

繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807年“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemos e Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。澳門當局立即通過理事多有支持襄助。抗日戰爭期間，在澳門創辦兵災慈善會，被選為主席，首捐6000餘元為倡， 結果募集10餘萬金，為抗日救亡工作作出了貢獻。

1724年（清雍正二年），清朝政府大規模驅逐西洋傳敎士，澳葡政府擔心清廷會進而收回澳門，就上書請求葡萄牙國王若奧五世遺使來華。1727年，葡國使臣麥德樂（Alexandre Metelo de Sousa e Menezes）經澳門抵達北京，朝覲雍正皇帝，行三跪九叩禮，呈獻大量禮物，並懇請清政府保護在澳門和中國內地的葡人。雍正允准了這一請求，同意葡人繼續居留澳門，並在麥德樂返澳時，給予了特別的優待。這次出使費用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3萬両銀子，其中澳葡當局承擔了2.5萬両。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

1849年（ 清道光二十九年）3月5日，澳督亞馬留宣佈澳門已成為自由港，勒令中國在澳門的海關停止辦公，遭到海關官員的駁斥後，便派兵封鎖中國在澳門的海關大門。3月13日，又率領數十名士兵釘閉澳門的中國海關，推倒關前懸掛中國旗幟的旗杆，驅逐海關官吏、丁役。兩廣總督徐廣縉當時正為廣州入城問題與英國人相持不下，又風聞亞馬留釘閉中國海關後即赴香港向英國借軍的消息，遂與粵海關監督基溥等會商，決定實行“以商制夷”的對策，即將澳門關口移往黃埔，在那裡另立碼頭，並命令在澳門的各大行店和零星小鋪全部遷去。澳門各商行接到兩廣總督的命令，紛紛攜帶家眷、伙計遷往黃埔。亞馬留雖然發公告要挾阻止，但未能制止殷實中國商人的離去，致使澳門街道荒涼、港口空索，出現一片蕭條景象。

1840年（ 清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。

1664年（清康熙三年），楊光先等誣陷天主教傳敎士湯若望“謀叛”，清政府一度判處湯若望等人死刑。禮部、兵部還提議將居住在澳門的葡萄牙人驅逐回國。清政府沒有採納，但命令葡人一體遷往內地。土著葡萄牙人準備遷移，來自歐洲的葡人則堅決反對，拒絕服從這一命令。廣東官府便派出艦隊，包圍澳門，準備武力解決。葡萄牙人只得花費2萬金幣，買通廣東大吏，請他們代向清政府求情。剛剛親政的康熙皇帝準備起用西方傳教士修訂曆書，又考慮到葡人居澳門已逾百年的實情，遂於1668年發佈旨令，赦免湯若望死罪，允許葡人繼續留居澳門。