1840年（ 清道光二十年）8月19日，英军对澳门地区的中国驻军发动进攻，他们进攻的目标是控制葡萄牙出入的关闸。中午，英军3艘军舰和运输船逼近莲花茎，向关闸和关闸附近的炮台猛烈开火。守卫关闸内外的军队除有近几个月内进驻的1300人外，还有临时赶来增援的督标参将波启善、署肇庆协副将多隆武、署抚标守备程步韩等率领的两标官兵及升任南澳镇总兵暂留香山协的惠昌耀指挥的水师，水陆官兵共达2000人左右。面对英军的攻击，中国驻军一齐出动。新授广东高廉道台暂驻澳门的易中孚率兵从澳门一带北进，多隆武、波启善等率兵自北山一带南进。惠昌耀的水师驶抵青洲海面，隔着莲花茎向英船开炮。双方展开激战，葡萄牙人按兵不动，以示中立。由于英军在武器技术方面明显占有优势，经过约1小时战斗，英军击毁关闸的界墙及附近的炮台，击败中国军队，参将波启善、守备陈宏光等负伤。接着，300名英印士兵登上莲花茎，占领关闸，并升起了英国国旗，还用关闸上的大炮轰击望厦等处的中国官兵。最后，他们搬走架设在关闸等处的20余门大炮，堵塞其余大炮的火门，放火烧毁中国军队的棚房，才登船撤离。关闸之役以中国军队的失败而告终。

19世纪中叶澳葡借机向清守军报复并袭击关闸的事件。1849年（清道光二十九年）的“关闸事件”，是关闸第二次遭受大规模进犯，且是遭受英、葡的水、陆夹攻。此次事件的引发，导火线是极力推行殖民扩张的澳督亚马留（João Maria Ferreira do Amaral）被望厦龙田村民沈志亮等人刺杀。1849年8月22日，亚马留被刺杀后，澳葡当局在英、美、法列强支持下，有恃无恐，借此挑起事端，于8月28日早晨，由炮兵军曹米士打基打率领100多名正规军和20名志愿军，携三门大炮，在快艇炮火支持下，对关闸发动进攻，战事扩展到拱北北岭，古关闸城楼被炮火轰毁。驻守关闸汛营的清军兵力薄弱，由于援兵未到，面对来势汹汹的葡兵，措手不及，不战而退，关闸为葡兵占据。在关闸事件中，葡兵1名重伤，清军4人死亡，葡兵且将战死的1名清兵的手臂和1名军官首级砍下，作为战利品，挂在竹竿上，带返澳门，游街示众。经此一役，清军退守前山寨。这是清王朝在澳门的主权地位受到严重挑战的一次重大事件。

1849年（ 清道光二十九年）3月5日，澳督亚马留宣布澳门已成为自由港，勒令中国在澳门的海关停止办公，遭到海关官员的驳斥后，便派兵封锁中国在澳门的海关大门。3月13日，又率领数十名士兵钉闭澳门的中国海关，推倒关前悬挂中国旗帜的旗杆，驱逐海关官吏、丁役。两广总督徐广缙当时正为广州入城问题与英国人相持不下，又风闻亚马留钉闭中国海关后即赴香港向英国借军的消息，遂与粤海关监督基溥等会商，决定实行“以商制夷”的对策，即将澳门关口移往黄埔，在那里另立码头，并命令在澳门的各大行店和零星小铺全部迁去。澳门各商行接到两广总督的命令，纷纷携带家眷、伙计迁往黄埔。亚马留虽然发公告要挟阻止，但未能制止殷实中国商人的离去，致使澳门街道荒凉、港口空索，出现一片萧条景象。

1744年（清乾隆九年），第一任澳门同知印光任走马上任后，针对过去香山县官府对澳门管辖不严的状况，制定7条治澳的措施，以加强对澳葡的管理和对洋船进出港口的控制。其主要内容可归纳为4个方面：①加强稽查途经澳门、出入珠江的外国商船；②加强对在澳门的中国商贩、工匠的管理；③加强对在澳葡萄牙人的管理；④协调附近驻军对澳门地区的巡防。此后，他还制订了有关禁止在澳的中外人贩卖人口的详细条例；对犯罪的葡人应如何审判、处刑的条例；重申了清政府禁止华人入敎的禁令，并采取了查捕来澳入敎、礼拜的华人，限令在澳的中国教民于一年内“首报回籍”等措施。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），钦差大臣林则徐偕同两广总督邓廷桢，统领将备管带弁兵巡阅澳门。当日，林则徐一行于早晨由前山整队出发，入关闸，巡视澳门查禁鸦片。澳葡理事官率领4名军官、100名士兵，在古关闸恭迎。林则徐一行，驻莲峰庙正殿，接见澳葡理事官，向理事官申明禁令，谕以安分守法，不许囤贮鸦片，不许徇庇奸夷。接见后，林则徐赏给澳葡官员色绫、折扇、茶叶、冰糖等中华特产，赏给士兵牛、羊、酒、面及银元400元。接着，林则徐在莲峰庙向天后、关帝神殿进香后，一行从三巴门进入澳门城区， 经大三巴牌坊、关前街、医院街、水坑尾、南湾、红窗门，至妈阁庙向天后进香，巡视了澳门主要街道。沿途督率随员抽查洋楼、民房，见租赁给不法英商的房屋已经关闭，各座洋楼没有烟土贮藏。巡视途中，居澳华民搭盖牌楼，扶老携幼，夹道欢呼。三巴、南湾、妈阁等澳葡炮台鸣炮十九响，以最高礼遇隆重欢迎。 当天中午，在澳葡官员护送下，林则徐一行离开澳门，返回前山、石岐。林则徐巡澳前已派员往澳门查户口、销鸦片，从澳门搜集外文资料编印成《澳门新闻纸》，这是中国近代史上最早的译报和类似的参考消息。林则徐巡澳虽只3个时辰（6小时），但影响甚大，再次显示中国政府对澳门享有主权。1989年为纪念林则徐巡阅澳门150周年， 当年12月初在澳门举行庆祝大会和“林则徐与澳门”学术研讨会，莲峰庙值理会在庙前竖立林则徐纪念雕像，并于1997年在雕像旁建成林则徐纪念馆。

继西、葡、荷之后，英国成为最强盛的殖民国家。虽然葡、英间早于1661年订有《梅吐英条约》，但这并未能避免这两个盟国在欧洲以外的竞争、冲突。英国以履行条约之名，借口帮助葡人守卫澳门，行图占之实。自1600年英国东印度公司成立之后，对葡萄牙人租占下的澳门觊觎不断。据统计，从1623年至1840年间曾发生10余起英人图占澳门事件。其中以1808年事件最为严重。1807年“半岛战争”中，法军破里斯本，葡萄牙本土沦陷，王室出逃巴西避难。1808年8月，英印总督援引两国间的攻守盟约，要求澳督同意英军进驻澳门，以防法军的可能进攻。此议遭澳门当时总督花利亚（Bernardo Aleixo de Lemos e Faria）拒绝后，英军强行登陆并占据砲台多座。澳门当局立即通过理事多有支持襄助。抗日战争期间，在澳门创办兵灾慈善会，被选为主席，首捐6000余元为倡， 结果募集10余万金，为抗日救亡工作作出了贡献。

英国人司各脱因杀人被清朝地方政府处决一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上当舵工的英国人司各脱（Francis Scott），与由他雇请来澳门工作的华人刘亚米斗殴，刘亚米被司各脱用刀砍伤致死。澳葡当局逮捕、审讯司各脱后，由于他拒不认罪，即认为他无罪，并拒绝把司各脱依法送往香山县丞衙署受审。广东当局遂关闭关闸，停止对澳门的粮食供应，澳葡当局被迫交出罪犯。中国官员对司各脱进行审讯，司各脱起初继续抵赖，后因有人出庭作证，才供认不讳。经广东大吏覆核，司各脱罪行确凿。1773年2月23日，广州知府到澳门与澳葡当局一起处死了司各脱，结束了这一场冲突。居澳的各国人士包括葡人，都进一步认清了当时葡萄牙在澳门的地位，澳门的真正长官，是驻扎澳门的香山县丞。

1724年（清雍正二年），清朝政府大规模驱逐西洋传敎士，澳葡政府担心清廷会进而收回澳门，就上书请求葡萄牙国王若奥五世遗使来华。1727年，葡国使臣麦德乐（Alexandre Metelo de Sousa e Menezes）经澳门抵达北京，朝觐雍正皇帝，行三跪九叩礼，呈献大量礼物，并恳请清政府保护在澳门和中国内地的葡人。雍正允准了这一请求，同意葡人继续居留澳门，并在麦德乐返澳时，给予了特别的优待。这次出使费用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3万両银子，其中澳葡当局承担了2.5万両。