明朝官兵在廣東新會沿海繫退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘， 均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。

1840年（ 清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

1744年（清乾隆九年），第一任澳門同知印光任走馬上任後，針對過去香山縣官府對澳門管轄不嚴的狀況，制定7條治澳的措施，以加強對澳葡的管理和對洋船進出港口的控制。其主要內容可歸納為4個方面：①加強稽查途經澳門、出入珠江的外國商船；②加強對在澳門的中國商販、工匠的管理；③加強對在澳葡萄牙人的管理；④協調附近駐軍對澳門地區的巡防。此後，他還制訂了有關禁止在澳的中外人販賣人口的詳細條例；對犯罪的葡人應如何審判、處刑的條例；重申了清政府禁止華人入敎的禁令，並採取了查捕來澳入敎、禮拜的華人，限令在澳的中國教民於一年內“首報回籍”等措施。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區， 經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。 當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年， 當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

1747年（清乾隆十二年），梅內澤斯（António José Teles de Meneses）出任澳門第44任總督。梅內澤斯上任後，不僅頻頻與中國官方發生衝突，而且用極為殘暴的手段統治澳門的葡萄牙人，留下了一個“老虎”的惡名。梅內澤斯的肆意妄為很快激起葡萄牙官員和市民的公憤。當地最富裕、最有影響力的市民羅沙（Manue1 Vicente Rosa）與市議員們一起策劃驅逐梅內澤斯的行動。羅沙勸説中國官員給葡印總督寫信，聲討梅內澤斯的罪行，並於1749年4月向葡印總督上達澳門居民有關驅逐梅內澤斯的請求。葡印總督決定罷免梅內澤斯，任命海軍上校美露（João Manuel de Mello）為新澳督，命令果阿高等法庭的法官庇利那（António Pereira e Silva）迅速前往澳門，仔細查核人們對梅內澤斯的指控。庇利那於1749年8月抵達澳門後，先後會見揭發、控訴梅內澤斯罪行的葡萄牙居民達80餘人，廣東方面也派已被免職的海防同知張汝霖及香山縣令暴煜參與了對梅內澤斯案的勘問。經過審判，罪行確立，這頭兇惡的“老虎”被遊街示眾，並於17 50年1月27日被押回果阿。

1664年（清康熙三年），楊光先等誣陷天主教傳敎士湯若望“謀叛”，清政府一度判處湯若望等人死刑。禮部、兵部還提議將居住在澳門的葡萄牙人驅逐回國。清政府沒有採納，但命令葡人一體遷往內地。土著葡萄牙人準備遷移，來自歐洲的葡人則堅決反對，拒絕服從這一命令。廣東官府便派出艦隊，包圍澳門，準備武力解決。葡萄牙人只得花費2萬金幣，買通廣東大吏，請他們代向清政府求情。剛剛親政的康熙皇帝準備起用西方傳教士修訂曆書，又考慮到葡人居澳門已逾百年的實情，遂於1668年發佈旨令，赦免湯若望死罪，允許葡人繼續留居澳門。

鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

1724年（清雍正二年），清朝政府大規模驅逐西洋傳敎士，澳葡政府擔心清廷會進而收回澳門，就上書請求葡萄牙國王若奧五世遺使來華。1727年，葡國使臣麥德樂（Alexandre Metelo de Sousa e Menezes）經澳門抵達北京，朝覲雍正皇帝，行三跪九叩禮，呈獻大量禮物，並懇請清政府保護在澳門和中國內地的葡人。雍正允准了這一請求，同意葡人繼續居留澳門，並在麥德樂返澳時，給予了特別的優待。這次出使費用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3萬両銀子，其中澳葡當局承擔了2.5萬両。