繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807年“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemos e Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。澳門當局立即通過理事多有支持襄助。抗日戰爭期間，在澳門創辦兵災慈善會，被選為主席，首捐6000餘元為倡， 結果募集10餘萬金，為抗日救亡工作作出了貢獻。

英國人司各脱因殺人被清朝地方政府處決一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上當舵工的英國人司各脱（Francis Scott），與由他僱請來澳門工作的華人劉亞米鬥毆，劉亞米被司各脱用刀砍傷致死。澳葡當局逮捕、審訊司各脱後，由於他拒不認罪，即認為他無罪，並拒絕把司各脱依法送往香山縣丞衙署受審。廣東當局遂關閉關閘，停止對澳門的糧食供應，澳葡當局被迫交出罪犯。中國官員對司各脱進行審訊，司各脱起初繼續抵賴，後因有人出庭作證，才供認不諱。經廣東大吏覆核，司各脱罪行確鑿。1773年2月23日，廣州知府到澳門與澳葡當局一起處死了司各脱，結束了這一場衝突。居澳的各國人士包括葡人，都進一步認清了當時葡萄牙在澳門的地位，澳門的真正長官，是駐紮澳門的香山縣丞。

19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23 日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

1724年（清雍正二年），清朝政府大規模驅逐西洋傳敎士，澳葡政府擔心清廷會進而收回澳門，就上書請求葡萄牙國王若奧五世遺使來華。1727年，葡國使臣麥德樂（Alexandre Metelo de Sousa e Menezes）經澳門抵達北京，朝覲雍正皇帝，行三跪九叩禮，呈獻大量禮物，並懇請清政府保護在澳門和中國內地的葡人。雍正允准了這一請求，同意葡人繼續居留澳門，並在麥德樂返澳時，給予了特別的優待。這次出使費用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3萬両銀子，其中澳葡當局承擔了2.5萬両。

1664年（清康熙三年），楊光先等誣陷天主教傳敎士湯若望“謀叛”，清政府一度判處湯若望等人死刑。禮部、兵部還提議將居住在澳門的葡萄牙人驅逐回國。清政府沒有採納，但命令葡人一體遷往內地。土著葡萄牙人準備遷移，來自歐洲的葡人則堅決反對，拒絕服從這一命令。廣東官府便派出艦隊，包圍澳門，準備武力解決。葡萄牙人只得花費2萬金幣，買通廣東大吏，請他們代向清政府求情。剛剛親政的康熙皇帝準備起用西方傳教士修訂曆書，又考慮到葡人居澳門已逾百年的實情，遂於1668年發佈旨令，赦免湯若望死罪，允許葡人繼續留居澳門。

1744年（清乾隆九年），第一任澳門同知印光任走馬上任後，針對過去香山縣官府對澳門管轄不嚴的狀況，制定7條治澳的措施，以加強對澳葡的管理和對洋船進出港口的控制。其主要內容可歸納為4個方面：①加強稽查途經澳門、出入珠江的外國商船；②加強對在澳門的中國商販、工匠的管理；③加強對在澳葡萄牙人的管理；④協調附近駐軍對澳門地區的巡防。此後，他還制訂了有關禁止在澳的中外人販賣人口的詳細條例；對犯罪的葡人應如何審判、處刑的條例；重申了清政府禁止華人入敎的禁令，並採取了查捕來澳入敎、禮拜的華人，限令在澳的中國教民於一年內“首報回籍”等措施。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區， 經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。 當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年， 當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

1661年（清順治十八年），清政府為消滅台灣鄭成功率領的抗清武裝，決定實行海禁， 封鎖台灣， 並頒佈遷海令，將粵、閩、浙等沿海地區居民遷入內地30里或50里。澳門亦在內遷之列。1662年，澳葡當局接到夷平各個炮台，以免被鄭成功佔據的命令。後因順治皇帝身邊的傳教士湯若望、龐迪我等人請願斡旋， 一再申稱“ 澳門有功於國”，並表示葡萄牙人自己能夠對付“海盜”，才使清政府收回成命，並將香山縣遷海之界線就劃在前山寨、北山、閘口一帶，澳門島始獲免遷。由於實行海禁，澳門反而受益，得以對外開放，繼續對外貿易，成為中國保持對外貿易聯繫的一個主要港口。

明朝官兵在廣東新會沿海繫退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘， 均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。