19世纪初，海盗红旗帮在张保仔的纠合下，队伍不断扩大，已拥有600多艘帆船，8万余人。广东官兵屡次出战，常被打得大败。两广总督百龄与澳葡当局都有合作消灭海盗的意愿。1809年（清嘉庆十四年）11月23 日，百龄派3名官员前往澳门，与澳葡地方长官亚利鸦架（Miguel Arriaga）会商。双方订立临时协议，决定由澳葡当局派出6艘100吨以上的武装船，在澳门至虎门一带配合中国水师围剿海盗，为期6个月；中国政府提供8万两银子作为装备澳葡舰队的经费。协议订立后，澳葡当局很快即组建一支由6艘武装船组成的澳门舰队。舰队司令阿尔科弗雷多上校乘坐的旗舰排水量达400吨，载有26门火炮，160名船员。其余5艘武装船共有150多门火炮，近600名船员。英国东印度公司澳门公司还免费为该舰队提供了大量武器和弹药。这支澳葡舰队遂成为一支战斗力相当强的海上力量。

1724年（清雍正二年），清朝政府大规模驱逐西洋传敎士，澳葡政府担心清廷会进而收回澳门，就上书请求葡萄牙国王若奥五世遗使来华。1727年，葡国使臣麦德乐（Alexandre Metelo de Sousa e Menezes）经澳门抵达北京，朝觐雍正皇帝，行三跪九叩礼，呈献大量礼物，并恳请清政府保护在澳门和中国内地的葡人。雍正允准了这一请求，同意葡人继续居留澳门，并在麦德乐返澳时，给予了特别的优待。这次出使费用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3万両银子，其中澳葡当局承担了2.5万両。

1747年（清乾隆十二年），梅内泽斯（António José Teles de Meneses）出任澳门第44任总督。梅内泽斯上任后，不仅频频与中国官方发生冲突，而且用极为残暴的手段统治澳门的葡萄牙人，留下了一个“老虎”的恶名。梅内泽斯的肆意妄为很快激起葡萄牙官员和市民的公愤。当地最富裕、最有影响力的市民罗沙（Manue1 Vicente Rosa）与市议员们一起策划驱逐梅内泽斯的行动。罗沙劝说中国官员给葡印总督写信，声讨梅内泽斯的罪行，并于1749年4月向葡印总督上达澳门居民有关驱逐梅内泽斯的请求。葡印总督决定罢免梅内泽斯，任命海军上校美露（João Manuel de Mello）为新澳督，命令果阿高等法庭的法官庇利那（António Pereira e Silva）迅速前往澳门，仔细查核人们对梅内泽斯的指控。庇利那于1749年8月抵达澳门后，先后会见揭发、控诉梅内泽斯罪行的葡萄牙居民达80余人，广东方面也派已被免职的海防同知张汝霖及香山县令暴煜参与了对梅内泽斯案的勘问。经过审判，罪行确立，这头凶恶的“老虎”被游街示众，并于17 50年1月27日被押回果阿。

继西、葡、荷之后，英国成为最强盛的殖民国家。虽然葡、英间早于1661年订有《梅吐英条约》，但这并未能避免这两个盟国在欧洲以外的竞争、冲突。英国以履行条约之名，借口帮助葡人守卫澳门，行图占之实。自1600年英国东印度公司成立之后，对葡萄牙人租占下的澳门觊觎不断。据统计，从1623年至1840年间曾发生10余起英人图占澳门事件。其中以1808年事件最为严重。1807年“半岛战争”中，法军破里斯本，葡萄牙本土沦陷，王室出逃巴西避难。1808年8月，英印总督援引两国间的攻守盟约，要求澳督同意英军进驻澳门，以防法军的可能进攻。此议遭澳门当时总督花利亚（Bernardo Aleixo de Lemos e Faria）拒绝后，英军强行登陆并占据砲台多座。澳门当局立即通过理事多有支持襄助。抗日战争期间，在澳门创办兵灾慈善会，被选为主席，首捐6000余元为倡， 结果募集10余万金，为抗日救亡工作作出了贡献。

鸦片战争后，葡萄牙政府和澳葡当局加紧对澳门地区的殖民扩张。亚马留于1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳门任总督，更加肆意践踏中国政府在澳门的主权，拒交商税和地租，关闭中国在澳门的官署和驱赶中国在澳门的官员，强行拆屋挖坟，引起了中国人民的无比愤慨。香山望厦龙田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，于1849年8月22日与郭金堂、李宝、张根、郭洪、周玉和陈发等人经过周密的计划，趁亚马留于傍晚到望厦龙田村骑马打鸟取乐之机，埋伏在距离关闸300米处，对其实施突袭，致其当场毙命。亚马留的随行副官也被砍伤，仓惶逃回澳门。沈志亮等人的英雄行动震撼了葡萄牙当局，他们立即对望厦等地居民采取报复，同时照会广东政府严惩凶手。英、美、西等国领事馆发表声明支持澳葡当局。在帝国主义列强的压力下，清政府屈膝妥协，将沈志亮杀害于前山，郭金堂发配充军，并把亚马留的残肢交还葡方。香山和澳门人民厚葬沈志亮于前山寨城西门山坡（今前山镇西门大街，山坡已毁），立碑“义士沈志亮之墓”，以志钦敬追怀。

明朝官兵在广东新会沿海系退葡军的一次战役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人别都卢率海舰5艘、部属1000余人入侵广东新会西草湾，明备倭指柯荣、百户王应恩等率军反击，擒其首领别都卢、疏世利等42人，斩首35人，缴获葡船2艘， 均按海贼罪处死。西草湾之役明军获全胜，葡人从此逐渐放弃武力攻华之野心。

英国人司各脱因杀人被清朝地方政府处决一案。1772年（清乾隆三十七年）12月14日，在商船上当舵工的英国人司各脱（Francis Scott），与由他雇请来澳门工作的华人刘亚米斗殴，刘亚米被司各脱用刀砍伤致死。澳葡当局逮捕、审讯司各脱后，由于他拒不认罪，即认为他无罪，并拒绝把司各脱依法送往香山县丞衙署受审。广东当局遂关闭关闸，停止对澳门的粮食供应，澳葡当局被迫交出罪犯。中国官员对司各脱进行审讯，司各脱起初继续抵赖，后因有人出庭作证，才供认不讳。经广东大吏覆核，司各脱罪行确凿。1773年2月23日，广州知府到澳门与澳葡当局一起处死了司各脱，结束了这一场冲突。居澳的各国人士包括葡人，都进一步认清了当时葡萄牙在澳门的地位，澳门的真正长官，是驻扎澳门的香山县丞。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），钦差大臣林则徐偕同两广总督邓廷桢，统领将备管带弁兵巡阅澳门。当日，林则徐一行于早晨由前山整队出发，入关闸，巡视澳门查禁鸦片。澳葡理事官率领4名军官、100名士兵，在古关闸恭迎。林则徐一行，驻莲峰庙正殿，接见澳葡理事官，向理事官申明禁令，谕以安分守法，不许囤贮鸦片，不许徇庇奸夷。接见后，林则徐赏给澳葡官员色绫、折扇、茶叶、冰糖等中华特产，赏给士兵牛、羊、酒、面及银元400元。接着，林则徐在莲峰庙向天后、关帝神殿进香后，一行从三巴门进入澳门城区， 经大三巴牌坊、关前街、医院街、水坑尾、南湾、红窗门，至妈阁庙向天后进香，巡视了澳门主要街道。沿途督率随员抽查洋楼、民房，见租赁给不法英商的房屋已经关闭，各座洋楼没有烟土贮藏。巡视途中，居澳华民搭盖牌楼，扶老携幼，夹道欢呼。三巴、南湾、妈阁等澳葡炮台鸣炮十九响，以最高礼遇隆重欢迎。 当天中午，在澳葡官员护送下，林则徐一行离开澳门，返回前山、石岐。林则徐巡澳前已派员往澳门查户口、销鸦片，从澳门搜集外文资料编印成《澳门新闻纸》，这是中国近代史上最早的译报和类似的参考消息。林则徐巡澳虽只3个时辰（6小时），但影响甚大，再次显示中国政府对澳门享有主权。1989年为纪念林则徐巡阅澳门150周年， 当年12月初在澳门举行庆祝大会和“林则徐与澳门”学术研讨会，莲峰庙值理会在庙前竖立林则徐纪念雕像，并于1997年在雕像旁建成林则徐纪念馆。