同治五年（1866年2月15日─1867年2月4日）8月23日，澳門盂蘭節建醮，普濟禪院近處失火，延及院內大雄寶殿，木欄檐棟，全被焚毀，更破壞丹墀外之欄砌石獅。石頭甬道，毀壞及半。所幸大殿未遭破壞。劫後恢復，又得村民。澳賈及閩籍人士捐輸，於1868年，再次重修，得以還復當年舊貌。

嘉慶二十五年（1820年2月14日─1821年2月2日）9—10月，澳門普濟禪院重修，落成後趙允菁撰《重修普濟禪院碑誌》立石。這次重修始於嘉慶二十一年（1816）冬季，至嘉慶二十三年（1818）秋季完成，至本年立碑石。這次重修普濟禪院“貲費巨萬”。內部主要是“增高而鼎新之”“殿前捍以石欄”。最重要的是修建了一條澳門城水坑尾門至普濟禪院的平整的石板路。過去，由澳門出城至關閘均由三巴門出，僅一條官道。至此，澳門出城至望廈又多了一條平整的道路。重修後的普濟禪院“瑰偉壯麗，金碧交輝，如神仙之排雲出，而金銀台為之湧現”，十分壯觀。

觀音古廟，在昔日之望廈村中，即今之美副將大馬路，與普濟禪院同村共路，互相輝映，更同是崇奉觀音菩薩。但普濟禪院則軒敞宏偉，故俗皆稱之為“觀音堂”；而觀音古廟初時則殘舊淺溢，故俗皆呼之為“觀音仔”。後者雖經幾次重修擴大，仍比不上觀音堂之渠渠廣廈也。惟是觀音古廟即是古廟，其古老歷史，遠拜觀音堂所可比擬者。蓋觀音古廟，在澳門北隅之蓮峰山南麓，而蓮峰山素稱多奇石，綿延於望廈村後，如屏障然。山上有一天然石托，俗名”燕子巢”。每當春回大地，燕子歸來時候，輒依石托，尋求舊壘，生息孵化，千百成羣，燕語呢喃，儼如烏衣巷裡 ，故村人又稱此石山為燕嶺焉。堪輿家更認此處為風水結穴云。山不在高，有仙則名，曾有村人，檢得一觀音像者，置於石托之下，昔人迷信，間或向之禱拜，據云每獲奇驗，由是香火漸盛。後來之所謂沐恩弟子，漸就石下，結一神龕。於是此小神龕，遂成為觀音古廟之濫觴焉。相傳昔日更有一牧童，嘗在觀音像下，捕得一隻巨蟀，攜往獵所搏鬥，輒有所獲，因思來源，遂感觀音庇佑，迺獨力為營一小廟，藉作報酬。聞當時該廟，真是小得可憐，整間小廟，深不過幾尺，廣亦只數桁，淺窄不堪容膝，參神者拜諸門外。且廟前林木險翳，更有一祀壇障其側，所以坊眾後來迺有重修擴建之舉耳。當明朝天啓前，望廈村中尚未建有觀堂。澳人崇拜觀音者，只得皆就燕嶺石托下之神龕參禮。據云靈異非常，每歲於觀音誕前，輒有清泉自神龕之石下流出，汨汨所經，潔净如洗，年年如是，歷驗不爽，因此參神者更加擁擠。但以當時地狹人稠，土霸藉勢欺凌，非村民不易得近神前，遂使留澳之閩潮人士憤然，後迺另行籌金，興建寬宏廣大之觀音堂焉。觀音仔之香火嗣是因而減少，坊人為重光廟宇計，迺不得不於清潮同治六年，集資重修，將小廟擴大，顏其門曰：”觀音古廟”。其兩傍門聯云：”八萬四塵界連燕嶺，三十二應法普蠔江。”。廟之正殿供觀音菩薩，左右增設呂祖、財帛、金花、痘母各神殿。石龕依舊是當年者，故在廿年前，每逢觀音誕時，仍有清泉湧出，泛濫階下。惟自澳葡開鑿後山之後，山泉遂輟，香火更趨零落矣。該廟原來迺處於燕嶺斜坡，後因當局開闢美副將大馬路時，掘低路面，於是圍欄作台，砌級而登耳。攷該觀音仔，始自明代。迄清道光初年，牧童為築小廟。至同治六年，經坊人擴而大之。又經光緒年間，兩次重處。再至民國時，已凋殘不堪矣。後得建築家馮養報效修繕，廟貌重光，現殿前階上之水榕兩株，依舊婆娑綠蔭，老幹嶙峋，似表現該廟已歷明清兩代也。觀音古廟，雖然始自前明，惟一向均無紀錄。至清朝同治六年重修擴建時，迴得邑人吳應揚為之撰書碑誌。攷吳應揚迺香山翠薇鄉人，字禮臣，同治戊辰科進士，刑部江蘇司主事。茲將該”重修觀音古廟碑誌”錄後：“余髫齡時，聞澳門望廈鄉有蓮峰，未之至也。及長，由穗城歸里，路經關閘沙，始知為蓮莖。莖盡矗起一山，即向所聞之蓮峰也。山下舊有蓮峰廟，余攀躋而上見龍勢直走，中復垂一脉，石托天然，俗呼為‘燕子巢’，又曰‘燕嶺’。竊思地傑則神靈，趨視其下，果見有觀音神宇，淺狹不堪容膝，參神者拜諸門外；而且樹林陰翳，廟前復障以祀壇，甚非所以妥神靈，而肅觀瞻也。詢之鄉人，謂是道光初年牧童所建，凡有祈禱，無不靈感異常。余欲慫恿鄉人，增高而恢大之，然志有未逮也。庚午由京返里，復過其地，煥然一新，向之不堪容膝者，今則堂高數仞矣；向之樹木陰翳者，今則豁然開朗矣；向之祀壇堵塞於前者，今已遷建於右側矣。回首當年，光陰似箭，余復週迴眺望，覺山環水抱，東西海縈帶左右；馬交石，東望洋，青洲諸峰，繚繞其間；比屋連云，交通阡陌，桑麻雞犬，有古桃源風，洵足擅一方之名勝也。越兩載，都人士向余言曰：是役也，幸藉神靈顯應，及衆士女樂助誠心，各董事和衷共濟，故得鳩工庀材，經始於同治丁卯之春，告成於是年臘月。中奉慈悲菩薩，左奉呂祖先師及財帛星君，右奉金花，痘母兩夫人；其殿外兩傍，分建客廳厨所，顏其額曰”觀音古廟”，仍舊號也。廟既為子欣賞，子盍為斯廟紀之。余聞而喜曰：我朝祀典修明，百神護庇，翊戴天子，波及庶民，況觀音尊神之靈威為尤著者哉！今梵宇重新，士女時歲鞠躬頂禮，以祝聖天子鴻釐，而自勤其生業，事父母，誨子弟，共敦鄉鄰，風俗之美者，皆神錫之福，以有年有幹於無窮也。余不文，因都人士之請，不獲辭，即事之始末紀之，並附以列公之芳名捐數，重建之進支數目，同泐展珉，以垂永久。是為序。欽加員外郎銜刑部江蘇司主事戊辰科進士里人吳應揚頓首拜撰並書。同治六年丁卯季冬吉旦。”

同治五年（1866年2月15日─1867年2月4日）8月23日，澳門盂蘭節建醮，普濟禪院近處失火，延及院內大雄寶殿，木欄檐棟，全被焚毀，更破壞丹墀外之欄砌石獅。石頭甬道，毀壞及半。所幸大殿未遭破壞。劫後恢復，又得村民。澳賈及閩籍人士捐輸，於1868年，再次重修，得以還復當年舊貌。王文達：《澳門掌故》，第62頁。

咸豐九年（1859年2月3日─1860年1月22日）1月，普濟禪院主持暢瀾和尚住持擴建普濟禪院竣工。先是，普濟禪院經嘉慶二十三年（1818）重修後，禪院已頗堂皇，但內部左右偏殿，尚未有西廳各堂，東廳亦只有數楹，僧舍過少，未符禪院之實。至咸豐時，經40年風雨，禪院簷牙殿角，已呈飄頹。當時禪院住持暢瀾和尚遂發起募捐，以完成擴建禪院計畫。此舉獲澳門華人富商王祿、沈旺、蔡兆蕙、趙允冠諸人大力支持，慷慨捐輸，遂於咸豐八年（1858）仲冬開始重修擴建，添建西廳各堂和地藏殿。東偏亦拓築園亭廊榭、僧舍客堂，並添置壇色廬具，備極美輪美奐。至本月竣工。寺中勒《重修普濟禪院碑誌》，由澳門同知馬增頤撰志，翰林院編修曾望顏書碑。今日所見普濟禪院之大致規模，即於是次重修擴建而奠定。