咸豐九年（1859年2月3日─1860年1月22日）1月，普濟禪院主持暢瀾和尚住持擴建普濟禪院竣工。先是，普濟禪院經嘉慶二十三年（1818）重修後，禪院已頗堂皇，但內部左右偏殿，尚未有西廳各堂，東廳亦只有數楹，僧舍過少，未符禪院之實。至咸豐時，經40年風雨，禪院簷牙殿角，已呈飄頹。當時禪院住持暢瀾和尚遂發起募捐，以完成擴建禪院計畫。此舉獲澳門華人富商王祿、沈旺、蔡兆蕙、趙允冠諸人大力支持，慷慨捐輸，遂於咸豐八年（1858）仲冬開始重修擴建，添建西廳各堂和地藏殿。東偏亦拓築園亭廊榭、僧舍客堂，並添置壇色廬具，備極美輪美奐。至本月竣工。寺中勒《重修普濟禪院碑誌》，由澳門同知馬增頤撰志，翰林院編修曾望顏書碑。今日所見普濟禪院之大致規模，即於是次重修擴建而奠定。

嘉慶二十五年（1820年2月14日─1821年2月2日）9—10月，澳門普濟禪院重修，落成後趙允菁撰《重修普濟禪院碑誌》立石。這次重修始於嘉慶二十一年（1816）冬季，至嘉慶二十三年（1818）秋季完成，至本年立碑石。這次重修普濟禪院“貲費巨萬”。內部主要是“增高而鼎新之”“殿前捍以石欄”。最重要的是修建了一條澳門城水坑尾門至普濟禪院的平整的石板路。過去，由澳門出城至關閘均由三巴門出，僅一條官道。至此，澳門出城至望廈又多了一條平整的道路。重修後的普濟禪院“瑰偉壯麗，金碧交輝，如神仙之排雲出，而金銀台為之湧現”，十分壯觀。

同治五年（1866年2月15日─1867年2月4日）8月23日，澳門盂蘭節建醮，普濟禪院近處失火，延及院內大雄寶殿，木欄檐棟，全被焚毀，更破壞丹墀外之欄砌石獅。石頭甬道，毀壞及半。所幸大殿未遭破壞。劫後恢復，又得村民。澳賈及閩籍人士捐輸，於1868年，再次重修，得以還復當年舊貌。王文達：《澳門掌故》，第62頁。

同治五年（1866年2月15日─1867年2月4日）8月23日，澳門盂蘭節建醮，普濟禪院近處失火，延及院內大雄寶殿，木欄檐棟，全被焚毀，更破壞丹墀外之欄砌石獅。石頭甬道，毀壞及半。所幸大殿未遭破壞。劫後恢復，又得村民。澳賈及閩籍人士捐輸，於1868年，再次重修，得以還復當年舊貌。