正德十五年(1520年1月20日─1521年2月6日)7月，費爾南•安德拉德返回葡國，受到國王接見。國王多次向他們詢問中國的情況，而費爾南•安德拉德的回答對葡王1520年的“印度敕令”產生影響，葡王決定對往返中國的航行實行國王壟斷，並將往返船隊保持的季節性接觸變為建立持久的關係，使葡國與東方的貿易成為日常的生意。為了使“印度敕令”產生實效，必須保證三個目標：將馬六甲置於葡萄牙統治之下，加強其作為東南亞香料和藥品貿易重要中心的作用；在蘇門答臘北部建立一個葡萄牙軍事勢力範圍，並在該地區主要的胡椒港口帕塞姆(Pacem)興建一座炮台和商站；在中國南方沿海建立商站和炮台。奧利維拉：《葡中接觸五百年》第3章，第29—30頁。

正德十六年(1521年2月7日─1522年1月27日)5月，又一批葡萄牙船來到東涌港。這批葡船為中國式帆船，一共5艘，一艘屬於暹羅國王，一艘屬於北大年國王，其他分別屬於彿蘭西斯科•羅德里格斯(Francisco Rodrigues)、歐維士(Jorge Álvares)及努諾•曼努埃爾(Nuno Manuel)。因船上的貨物尚未脫手，故希望進入廣州貿易。當時廣州大使已得到葡使在京受到世宗冷遇及要驅逐他們回國的消息，故以假口信哄騙葡商們上岸，並帶至南頭，然後抓捕。因為是分開來的，今天一艘，明天一艘，最後無一倖免。在南頭，廣東官府將船長、水手長、領航員及商人斬首，船上貨物大部份以海盜贓物充公，還有一部份則被布政使和按察使汪鋐及南頭備倭等官員瓜分。5艘船則分別分給了占城人、馬來人和暹羅人。巴爾托羅梅烏•蘇亞雷斯(Bartoloméu Soares)、 洛博•哥依斯(Lopo de Góis)及梅爾古良(Mergulhão)神父等20餘人被斬首，其中還有幾位暹羅人，其罪名就是夾帶葡人來華，另外被俘的葡人則被投進廣州的監獄。為了防止布政使及按察使汪鋐等官員侵吞葡人財物的消息外泄，他們下令不得放走一個葡萄牙人，並決定殺人滅口，杜絕後患。梅爾古良神父應是迄今文獻所載明代第一個進入中國的天主教神職人員。卡爾沃：《廣州葡囚信》，第84—85、102頁。

正德十二年(1517年1月22日─1518年2月9日)9月底，費爾南•安德拉德船隊抵達廣州城下，葡人船隊在桅杆上升旗，然後船上又鳴放禮炮三響，向對方致敬。當時在廣州城的大員僅布政使吳廷舉。郭棐稱：“佛郎機大舶突入廣州澳口，銃聲如雷，以進貢請封為名，右布政使兼副使吳廷舉聽之。”吳氏指責葡方三件事違規：第一，無廣州大吏的批准擅入；第二，鳴炮；第三，懸旗或豎長矛。費爾南•安德拉德進行了多次道歉，不久，雙方消除誤解。兩廣總督陳金、三堂總鎮太監寧誠，總兵武定侯郭勳先後回到廣州，並在官衙中聽取葡人代理商的匯報。聽完匯報後，陳金命令葡人使臣“去光孝寺習禮三日”，方肯接見。10月底，在炮聲和號聲中，托梅•皮雷斯和隨行7人著節日盛裝登上廣州石碼頭。然後將使團及隨行人員安排在十八甫蜆子步的懷遠驛下榻，等候北京傳旨接見。費爾南•安德拉德將大使送到驛館後，他也獲得廣東官方給他的一間房屋，方便其出售貨物。他和他的代理商、書記員及其他幾位葡商均上岸經營貿易，而且以最優惠的價格進行。不久，其貨物全部賣完。郭棐：《(萬曆)廣東通志》卷69《外志》3《番夷》。《若昂•德，巴羅斯亞洲史——旬年史之三》第2篇第8章，第138頁。陳金，湖廣應城人。兩次擔任兩廣總督。第一次出任兩廣總督在正德元年十二月，第二次是在正德十年“以左都御史加太子少保”再至廣東出任兩廣總督(《明武宗實錄》卷20，正德元年十二月戊申，黃佐：《(嘉靖)廣東通志》卷10《職官表》下)。又《明武宗實錄》卷152，正德十二年八月戊辰及卷155，正德十二年十一月丁亥記載，郭勳和陳金在廣東會見葡萄牙使團後不久就離開廣東。光孝寺，在廣州舊城西北，廣州著名佛教古刹，三國時即建為寺，明憲宗時正式定名光孝寺。黃佛頤：《廣州城坊志》卷4，第194—200頁。顧應祥：《靜虛齋惜陰錄》卷12《雜論》3稱：“第一日始跪左腿，第二日跪右腿，三日才磕頭，始引見。總督衙門吩咐：《大明會典》原不載此國，令在驛中安歇，待奏准才可起送。”顧應祥是第一次進入廣州的葡萄牙使團的見證人，其記錄當可信，但他稱葡使團人員“皆以白布纏頭，如回回打扮”，確實費解。(胡宗憲：《籌海圖編》卷13《兵器•佛朗機圖說》，四庫全書本《籌海圖編》題為胡宗憲撰，有誤。《籌海圖編》作者原為鄭若曾，天啟年間，胡宗憲之孫胡燈等重校該書時，將“昆山鄭若曾輯”改為“胡宗憲輯議”，並作了某些必要的剜補改動。後人即沿用胡宗憲之名。)我們認為很可能是因為葡使團中有通事5人及許多僕役，這些通事和僕役可能是馬來人，故作“回回打扮”。明政府既將葡人使臣視為“回回”，為什麼又要安排在佛教寺廟習禮？殊不可解。高德勝：《歐洲第一個赴華使節》，第138頁。戴璟《廣東通志初稿》卷28《驛傳》稱：懷遠驛，原額館夫8名，事為安養夷人而設，近年番船俱無進貢，亦無番夷在驛安養。前項館夫，欲行裁革，誠恐後有番船到事□□，缺人供應，□存舊額。黃佛頤《廣州城坊志》卷5第308—309頁：十八甫蜆子步在廣州舊城西關，甫即鋪。懷遠驛即在蜆子步。洪武三年於浙江、福建、廣東三市舶可設驛館，廣東名懷遠驛。永樂四年，置懷遠驛於廣州城蜆子步，建屋一百二十間以居蕃人。《若昂•德•巴羅斯亞洲史——旬年史之三》第2篇第8章，第140—141頁。

嘉靖二十七年(1548年2月10日─1549年1月28日)7月15日，有葡萄牙船隊大船8艘、哨船11艘進攻福寧州七都沙頭澳。登陸士兵多為黑奴，各持鉛子銃、鐵標、弓弩亂髮。清灣巡檢司官兵抵敵不過，葡兵劫掠沿岸居民20餘家，又乘船往崳山拋泊。 朱紈：《甓餘雜集》卷3《亟處失事官員以安地方事》。

萬曆三十二年（1604年1月31日─1605年2月17日）6月27日，荷蘭船隊在韋麻郎司令的指揮下從大泥（Patane）啟航。7月25日航至廣東附近之澳門，因警惕澳門葡人襲擊，遂漂泊於附近海岸。他們要求到廣州互市，由於葡萄牙人對廣東的影響，要求被拒絕。28日，海上颶風驟起，更無法在澳門靠岸，遂改變航向向東。於8月7日抵達澎湖，並派華人李錦返漳州，要求通商。福建當局得知韋麻郎佔領澎湖後，遂讓李錦返回，告知荷蘭人撤出澎湖。開始荷蘭人抗命不從，福建巡撫徐學聚下令總兵施德政與浯嶼把總沈有容驅逐荷蘭人。最後，在明廷的壓力下，韋麻郎不得已於12月15日率船隊撤離澎湖。韋麻郎：《航海日記》，轉自廖漢臣：《韋麻郎入據澎湖考》，載《文獻專刊》創刊號。

隆慶三年(1569年1月17日─1570年2月4日)本年，中國及日本巡航首領曼努埃爾•特拉華索(Manuel Turvassos) 擔任澳門地方兵頭。施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第209頁。

崇禎二年（1629年1月24日─1630年2月11日）嘉思欄炮台（Forte de S. Francisco）建成竣工。嘉思欄炮台又名聖方濟各炮台，因為炮台附近即為方濟各修院的舊院址。1622年時，這里曾架一尊炮，後弗蘭西斯科•馬士加路也將這里擴建成一炮台。該炮台呈橢圓形、裝有6門金屬火炮。炮台下面還裝有一火炮發射台，那里有1門發射35英鎊鐵彈的鐵炮。故《澳門記略》稱，嘉思欄炮台置炮7門。這座炮台是防禦海上進攻的前線，其大炮射程可達氹仔雞頸山，覆蓋兩岸間的全部空間。由於其圍牆沿山勢修建，炮台形狀不規則，東西兩邊各有一座炮塔，圍牆內還有指揮官和士兵住房，1座彈藥庫和1座教堂。科斯塔：《澳門建築史》，載《文化雜誌》第35期，1998年；博卡羅：《要塞圖冊》，載《16和17世紀伊比利亞文學視野里的中國景觀》，第220頁；Jorge Graça, The Fortifications of Macau, pp. 63—66; 印光任、張汝霖：《澳門記略》卷下《澳蕃篇》。

崇禎六年（1633年2月8日─1634年1月28日）3月，中國及日本巡航首領菲利浦•羅博（D. Felipe Lobo）率船前往中國貿易，來澳門一路順暢，在本月回程經新加坡海峽時遭荷蘭船隻襲擊，其中4艘船為避免被俘而自焚沉海，所喪失的黃金和銅價值超過50萬銀色勒芬。菲利浦•羅博僥倖逃生。C. R. Boxer, Fidalgos in the Far East（1550—1770）, p. 107.

萬曆四十一年（1613年2月19日─1614年2月8日）本年，葡印總督又派出三艘大帆船在中國海面參加海上護航，其中一艘在上川附近遇颱風沉沒，200多名船員喪生，其中有60餘名葡萄牙人，另有80餘人僥倖未死，在澳門與艦隊重新會合。徐薩斯：《歷史上的澳門》，第53頁。