嘉靖二十五年(1546年2月1日─1547年1月21日)4月8日，由9位耶穌會士組成的第三批遠征隊從里斯本出發前往遠東幫彿蘭西斯科•沙勿略。

嘉靖二十年(1541年1月27日─1542年1月15日)12月，法里亞•索薩的船隊及費爾南•平托抵達雙嶼港。雙嶼港是由兩個相對的島嶼組成，距當時葡萄牙人的貿易點3里格。那是葡萄牙人建立在陸地上的村落，房屋逾千，居民有3000人，其中葡萄牙人達1200人。島上有葡萄牙的市政官、巡迴法官、鎮長及其他六七級的法官和政府官員，還有六七所教堂。島上十分富庶，葡萄牙人的買賣超過300萬金，島上有些房屋的造價已高達3000～4000克魯紮多。為了迎接法里亞•索薩船隊的到來，島上葡萄牙人舉行了盛大的歡迎宴會，席間還有文藝演出，一出中國戲，一出葡萄牙戲。朱紈記錄的雙嶼港為“東西兩山對峙，南北俱有水口相通，亦有小山如門障蔽，中間寬闊二十餘里，藏風聚氣，巢穴頗寬”。費爾南•平托所言之Liampó，即中文文獻中的“雙嶼”，這一點已經被許多專家學者所證明。關於費爾南•平托所記雙嶼港的城市規模及葡人在島內的行政建制，至今未獲考古資料驗證。但從朱紈《甓餘雜記》的記載中可以找到費爾南•平托所記的旁證。葡人來雙嶼始於嘉靖初，至此已近20年。以澳門開埠20年時間比證，雙嶼港在葡人20年的建設下發展成如此規模是可信的。 費爾南•平托：《遠遊記》第68章，第196─198頁。[2]朱紈：《甓餘雜集》卷4《雙嶼填港工完事》。[3]方豪：《16世紀浙江國際貿易港Liampo考》，載《方豪六十自定稿》，第91─121頁；張增信在《明季東南中國的海上活動》第237頁中認為，雙嶼即今舟山島西南灣內的“盤峙”與“長峙”二島；錢茂偉的《雙嶼港歷史新探》(載《浙江海洋文化與經濟》第2輯)和龔纓晏的《中國古地圖上的雙嶼》(未刊稿)認為，雙嶼應是六橫島，朱紈的《甓餘雜記》卷4稱“陸洪山”，鄭若曾的《籌海圖編》卷1稱“陸奧山”。參見湯開建：《平托〈遊記〉Liampo紀事考實》，載《澳門開埠初期史研究》，第27─57頁。[4]湯開建：《平托〈遊記〉Liampo紀事考實》，載《澳門開埠初期史研究》，第27─57頁。長期以來，浙江地區考古工作者對雙嶼港地區進行了多次調查，但從未發現與葡萄牙人相關的遺跡和文物。2009年北京大學林梅村教授在陸奧山(大尖峰山)進行考古調查，發現一異域風格的浮雕石碑，林先生懷疑為葡人在雙嶼港所建教堂之遺物。這一發現十分重要，但有待進一步深入。參見林梅村《六橫島訪古》，載《澳門研究》2010年第1期(待刊)。

嘉靖三十二年(1553年1月14日─1554年2月1日)海盜葉宗滿勾引倭夷來市浙海，見浙江水師戒備森嚴，遂往廣東，市於南澳。

嘉靖二十三年(1544年1月24日─1545年1月12日)4月29日，第二批耶穌會傳教遠征隊從羅馬出發前往果阿，但被迫返回並改組。

嘉靖二十四年(1545年1月13日─1546年1月31日)6月，葡萄牙人佩羅•費達爾格(Pedro Fidalgo)駕駛一艘中國式帆船離開浡泥(Brunei，加里曼丹島北部汶萊)，由於逆風，他們駛向北部，在北緯9°或10°至22°處發現了一個人們稱之為“呂宋”的島嶼，島的走向是東北一南方，位於棉蘭老島(Mindanao)和中國之間。據說該島長250里格，樹木繁茂，它距中國很近，那裡的人用兩個金幣索換一個銀幣索。

嘉靖二十七年(1548年2月10日─1549年1月28日)3月17日，由10位耶穌會員組成的第5批傳教遠征隊分乘兩艘大黑船從里斯本出發前往遠東，其中一位就是《日本歷史》作者路易斯•彿羅依斯(Luis Fróis)。 施白蒂：《澳門編年史：16—18世紀》，第10頁。

嘉靖十九年(1540年2月8日─1541年1月26日)6月2日，平托乘坐的法里亞•索薩(António de Faria de Sousa)的船隊來到海南島的卡莫依海灣(Camoy Gulf)，這是一個為明宮廷採集珍珠的地方，他們冒充暹羅商人進港，當地人見他們是外國人，不懂當地的習俗與法律，立即勸他們離開。根據廣海都統的規定，這裡只允許採珠船進出，其餘船隻只要被發現，立即燒毀船隻，處死來人。

嘉靖二十二年(1543年2月4日─1544年1月23日)9月23日，王直引葡萄牙人費爾南•平托、克里斯托翁•博拉略(Cristóvão Boralho)及迪奧戈•澤依莫托(Francisco Diogo Zeimoto)等航行赴日貿易，途遭到颶風，漂流到種子島。島上守官古市長門守(ふる いさなかとのがみ)對迪奧戈等3人十分熱情與尊敬，迪奧戈則以所帶火槍相贈。古市長門守給葡人1000兩白銀並請他們教他如何製造火藥。火槍遂傳入日本。五個半月後，島上仿製火槍已有600餘支。

嘉靖二十五年(1546年2月1日─1547年1月21日)本年，許四(梓)往日本貿易不利，回國後，離開雙嶼與海盜沈門、林剪、許獠劫掠閩浙海隅。許二(棟)則因兄弟許一(松)、許三(楠)喪亡，許四去日本，自己亦離開雙嶼，隨海盜朱獠、李光頭等協同番夷劫掠閩浙海隅民居。