萬曆三十三年（1605年2月18日─1606年2月6日）5—6月，欽差總督廣東珠池市舶稅務兼管鹽法太監李鳳與信官王權、梁宗翰等人主持，由澳門四街華商出資重建媽閣廟“神山第一亭”完成。澳門“四街”即“十字街”，這是一條縱街與一條橫街交叉而成的十字街，被明廷分別命名為“畏字街”、“威字街”、“懷字街”、“德字街”。這十字街本是諸夷建造居住。後多為華商租賃，葡人居樓上，唐人居樓下。

萬曆二十六年（1598年2月6日─1599年1月26日）4月15日，意大利人弗蘭西斯科•卡萊蒂（Francesco Carletti）及其父安東尼奧•卡萊蒂（António Carletti）來到澳門。卡萊蒂父子是1596年3月25日離開墨西哥城，當年6月初抵達菲律賓，當時他們向西班牙總督表示要前往澳門時，遭到了對方的禁止。於是他們被迫於1597年5月從馬尼拉乘船前往日本長崎，在長崎停留至本年3月3日離開，然後抵達澳門。同船來的還有幾位葡萄牙人。16日，兩父子即被逮捕，並被關押審訊3天。這是為了嚴格執行禁止葡萄牙人和西班牙人貿易的命令，因為他們曾在菲律賓逗留。後來，卡萊蒂父子繳納了一筆保金後，始獲釋放，並規定他們遇到適當船期，須馬上前往葡屬印度。7月20日，安東尼奧•卡萊蒂因患重病逝世，埋葬在澳門主教座堂大祭台對面。弗蘭西斯科•卡萊蒂在澳門逗留了一年多時間，並將他所見到的澳門及廣州交易會記錄在他的著作《周遊世界評說》中： 澳門是一座小城，既無城牆，又無城堡，只有一些葡萄牙人的房屋。它名叫上帝聖名之城，盡管靠近中國，卻由一個葡萄牙首領統管。該首領每年由果阿派遣，攜帶葡萄牙王室的護照及國王的指令，對在那里居住的葡萄牙人執法。澳門除了主教所在的大教堂外，還有聖方濟各會、聖多明我會和聖奧斯定會的教堂與修院，但只有少數兄弟，這是因為滯留在澳門的少數葡萄牙人的每日支出全部要靠捐贈生活。此外還有耶穌會的修道士，他們擁有被稱為學院（colégio）的教堂，那里居住著許多神父和兄弟，他們中的一些人潛入中國大陸，另一些被派遣至日本。我滯留日本時曾聽說，視察員范禮安除了在澳門學院所用的錢外，每年還為維持天主教而消費8000～9000埃斯庫多（escudo）。 廣州交易會每年9月至10月出售送往印度的商品，4月至5月出售送往日本的商品。這些商品主要是生絲，每次航海可運送7萬～8萬雷阿爾（每雷阿爾相當於20盎司）。送往日本的有大量的各種織物和鉛。此外，水銀、鉛丹的數量也同樣很大，還有質量一般的麝香，另外，還有其他大量的物品，例如食料和各種陶制器皿。還往往運送黃金，黃金貿易可以獲得70%～80%的利潤，在發生戰爭時還更多。為滿足我的願望，當葡萄牙人去購買發往印度貨物的廣州（Canton）交易會（feira）或集市（mercato）的時間來臨時，我把我的現金給了代表們。從澳門市民中選出四五人，任命他們以大家的名義去購貨，以便貨物價格不出現變化。代表們乘中國人的船被送往廣州，攜帶著想花或可以動用的錢。一般是相當於250000至300000埃斯庫多的雷阿爾或來自日本及印度的銀錠。這些船名叫舲艇（lantea），舲艇是小船，類同日本的黑船（funee），以槳航行[但日本船大得多，類似我們的大帆船（galere），但更加舒適]。葡萄牙人不得離開這些船隻。只有白天允許他們上岸行走，入廣州城觀看貨物，商討價格。定價稱作“拍板”（dare la pancada）。之後，可以這一價格購買個人欲購的貨物，但在商人代表訂立合同前，任何人不得採購。入夜後，所有人返回龍頭划船上進食休眠。一邊購貨一邊根據葡人的需要將其以龍頭划船或來自印度的大舶運至澳門。值得我們注意的是，弗蘭西斯科•卡萊蒂在遊記中也提到了澳門媽祖廟：“在一重大的節日中上供上述東西時，人們在廟宇附近會餐。我在阿媽港（Amacao）曾目睹此情形。於一曠野處，在他們敬拜的廟宇處，有巨石數塊，上面鏤刻鎏金大字，這一廟宇人稱‘Ama’，故本島稱作Amacao島，意即Ama廟宇之地。該節日落在三月新月的第一日，即他們的新年。作為最重要的節日，舉國歡慶之。”弗蘭西斯科•卡萊蒂的親眼所見、親身經歷完全可以證明媽祖廟建於萬曆三十三年（1605）之前。參閱Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, 加爾西亞：《澳門與菲律賓之歷史關係》，載《澳門史新編》第2冊，第543—544頁。埃斯庫多（Escudo），葡萄牙貨幣單位，與帕塔卡（pataca）同值。 Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, pp.181—182.Francesco Carletti, Ragionamenti del mio Viaggio intorino ao mondo（1594—1606）, p.205. 轉自金國平、吳志良：《過十字門》，第83頁。

嘉靖四十四年(1565年2月1日─1566年1月20日)本年，戈伊斯使團文書若奧•埃斯科巴爾在澳門撰寫《關於至高至強之塞巴斯蒂昂國王派往中國使節團的述評》一書，記錄了1564年廣東副總兵湯克寬曾派官員到澳門與葡萄牙人洽商一事，其中還記錄了澳門媽閣廟：“事情至此，那位官員派人對唐•若奧(D. João)說，他將登岸到廟中與其會面，將事議妥。為不耽誤時間，請他也照做。唐•若奧認為此議甚好，前往該地會面。它位於村落的端點，面對大海。”這座位於澳門“村落的端點、面對大海”的廟就是媽閣廟(Templo de A-Má)。媽閣廟始建於何時，目前尚無明確的文獻證據，但這一條史料可以證明，嘉靖四十四年(1565)前澳門即有媽閣廟。而且，廣東官府利用這一廟宇作為與葡人首領會晤的地點，亦可說明當時的媽閣廟即已具備“官廟”的性質。林旭登《葡屬印度水路志》採用1587年以前的資料描寫澳門內港景象稱：從澳門啟航，你們在東北方向可以看見一座山(對面山)上有一白色標記。東邊還有兩個山丘。在第二座山丘(鳳凰山)與山之間的那個丘陵(青洲)完全禿裸。見到它後，你們要在位於水道中央的沙梨頭的岩石及礁石之間穿行。該水道位於當地最後一批大宅附近。一到這些房子處，你們可以看到第三座山崗(媽閣山)。靠近該地岬角處稱官廟(Verella dos Mandarins)。上述山丘幾乎完全禿裸。此處水深5托。往大海方向，水半深。過了這個岬角，水面加深，可至5或6托半。按此方法航行，你們可以見到馬騮洲對面隆起的陸地。林旭登所言之官廟亦應為媽閣廟。