鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

1821年（清道光元年），在歐美大陸資產階級革命運動的推動下，葡萄牙的資產階級民主革命運動進入高潮。由公民選舉產生的葡萄牙議會制定了君主立憲的憲法，下達了取消一切封建權利和義務的命令，在葡萄牙民主運動的影響下，澳門的葡萄牙人分成了敵對的兩派：一是以土著葡萄牙人為主體，有着強烈變革要求的立憲派，其首領為巴波沙（Paulino da Silva Barbosa）少校；一是以葡萄牙貴族官員為主體，力圖維護原有特權的保守派，其首領是地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）。立憲派先是開展請願活動，抗議議事局無視市民的要求，提出恢復原來的議事局政體，免除澳門對果阿、帝汶的財政補貼，任用澳門土生葡萄牙人在當地文職機構及軍隊任職等一系列請求。澳葡當局被迫於1822年2月16日召集市民在市政廳舉行忠於憲法的宣誓。但他們對民眾所要求的改革並不準備實行。在這種形勢下，立憲派與澳葡當局，特別與保守派首領矛盾越來越尖鋭，並不時採取激烈行動，使亞利鴉架的人身安全受到很大的威脅。1822年8月中旬，澳門民主運動爆發。市民若瑟在8月17日議事局開會時，提交了一份由83位市民聯名的抗議書。這份抗議書指控亞利鴉架慫恿中國官員干預澳門事務，以維持自己的地位。亞利鴉架自知受到市民的普遍敵視，表示願意辭職。市議員向市民們宣佈了他辭職的消息，並表示準備進行一次新的選舉。8月19日，市民們舉行選舉大會。會上，立憲派與保守派發生尖鋭的衝突。保守派頭目卡瓦爾坎蒂（Cavalcanti）宣稱，這一會議沒有確定新政體的權力。與會的市民都被激怒，當即將他從窗口扔到街頭。這時，巴波沙登台演説，指出人民希望建立的是與憲法完全符合的政體。會議最後決定，重新恢復1784年（清乾隆四十九年）前的政體，授予新選出的議事局不受總督及地方長官控制的立法權、行政權和司法權。總督只能掌管軍事。亞利鴉架則被剝奪一切職務。9月12日，巴波沙又創辦了澳門有史以來的第一張報紙－《蜜蜂華報》。該報宗旨鼓吹立憲派各項主張，成為新政權的喉舌。澳門資產階級立憲派領導的民主運動進入高潮。被罷免的亞利鴉架並不甘心失敗，煽動總督阿爾布克爾克（Afonso de Albuquerque）發動政變。但很快被立憲派擊敗。1823年，葡印總督派“薩拉曼特拉”號巡洋艦運載一批士兵駛往澳門，旨在恢復舊政權，鎮壓澳門民主運動。由於中國政府的干涉，他們未敢輕舉妄動。9月23日凌晨，士兵在澳門偷偷登陸，沒有遇到任何抵抗，就進抵市政廳前的廣場，並逮捕了立憲派領袖巴波沙。隨後，保守派組織了政府委員會，來攝理總督職權，並將亞利鴉架官復原職。接着，他們大肆鎮壓立憲派，查封《蜜蜂華報》。與此同時，葡萄牙王子米格爾（Dom Miguel）也在本國發動政變，解散議會，廢除憲法，恢復其父若奧六世專制君主的權力。澳門保守派狂熱地歡呼這一場政變，他們宣誓效忠於君主專制政體，舉行了盛大的慶典和宴會。澳門民主運動遂因此而夭折。

1661年（清順治十八年），清政府為消滅台灣鄭成功率領的抗清武裝，決定實行海禁， 封鎖台灣， 並頒佈遷海令，將粵、閩、浙等沿海地區居民遷入內地30里或50里。澳門亦在內遷之列。1662年，澳葡當局接到夷平各個炮台，以免被鄭成功佔據的命令。後因順治皇帝身邊的傳教士湯若望、龐迪我等人請願斡旋， 一再申稱“ 澳門有功於國”，並表示葡萄牙人自己能夠對付“海盜”，才使清政府收回成命，並將香山縣遷海之界線就劃在前山寨、北山、閘口一帶，澳門島始獲免遷。由於實行海禁，澳門反而受益，得以對外開放，繼續對外貿易，成為中國保持對外貿易聯繫的一個主要港口。

1840年（ 清道光二十年）8月19日，英軍對澳門地區的中國駐軍發動進攻，他們進攻的目標是控制葡萄牙出入的關閘。中午，英軍3艘軍艦和運輸船逼近蓮花莖，向關閘和關閘附近的炮台猛烈開火。守衛關閘內外的軍隊除有近幾個月內進駐的1300人外，還有臨時趕來增援的督標參將波啟善、署肇慶協副將多隆武、署撫標守備程步韓等率領的兩標官兵及升任南澳鎮總兵暫留香山協的惠昌耀指揮的水師，水陸官兵共達2000人左右。面對英軍的攻擊，中國駐軍一齊出動。新授廣東高廉道台暫駐澳門的易中孚率兵從澳門一帶北進，多隆武、波啟善等率兵自北山一帶南進。惠昌耀的水師駛抵青洲海面，隔着蓮花莖向英船開炮。雙方展開激戰，葡萄牙人按兵不動，以示中立。由於英軍在武器技術方面明顯佔有優勢，經過約1小時戰鬥，英軍擊毀關閘的界牆及附近的炮台，擊敗中國軍隊，參將波啟善、守備陳宏光等負傷。接着，300名英印士兵登上蓮花莖，佔領關閘，並升起了英國國旗，還用關閘上的大炮轟擊望廈等處的中國官兵。最後，他們搬走架設在關閘等處的20餘門大炮，堵塞其餘大炮的火門，放火燒毀中國軍隊的棚房，才登船撤離。關閘之役以中國軍隊的失敗而告終。

1664年（清康熙三年），楊光先等誣陷天主教傳敎士湯若望“謀叛”，清政府一度判處湯若望等人死刑。禮部、兵部還提議將居住在澳門的葡萄牙人驅逐回國。清政府沒有採納，但命令葡人一體遷往內地。土著葡萄牙人準備遷移，來自歐洲的葡人則堅決反對，拒絕服從這一命令。廣東官府便派出艦隊，包圍澳門，準備武力解決。葡萄牙人只得花費2萬金幣，買通廣東大吏，請他們代向清政府求情。剛剛親政的康熙皇帝準備起用西方傳教士修訂曆書，又考慮到葡人居澳門已逾百年的實情，遂於1668年發佈旨令，赦免湯若望死罪，允許葡人繼續留居澳門。

明朝官兵在廣東新會沿海繫退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘， 均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。

1849年（ 清道光二十九年）3月5日，澳督亞馬留宣佈澳門已成為自由港，勒令中國在澳門的海關停止辦公，遭到海關官員的駁斥後，便派兵封鎖中國在澳門的海關大門。3月13日，又率領數十名士兵釘閉澳門的中國海關，推倒關前懸掛中國旗幟的旗杆，驅逐海關官吏、丁役。兩廣總督徐廣縉當時正為廣州入城問題與英國人相持不下，又風聞亞馬留釘閉中國海關後即赴香港向英國借軍的消息，遂與粵海關監督基溥等會商，決定實行“以商制夷”的對策，即將澳門關口移往黃埔，在那裡另立碼頭，並命令在澳門的各大行店和零星小鋪全部遷去。澳門各商行接到兩廣總督的命令，紛紛攜帶家眷、伙計遷往黃埔。亞馬留雖然發公告要挾阻止，但未能制止殷實中國商人的離去，致使澳門街道荒涼、港口空索，出現一片蕭條景象。

1724年（清雍正二年），清朝政府大規模驅逐西洋傳敎士，澳葡政府擔心清廷會進而收回澳門，就上書請求葡萄牙國王若奧五世遺使來華。1727年，葡國使臣麥德樂（Alexandre Metelo de Sousa e Menezes）經澳門抵達北京，朝覲雍正皇帝，行三跪九叩禮，呈獻大量禮物，並懇請清政府保護在澳門和中國內地的葡人。雍正允准了這一請求，同意葡人繼續居留澳門，並在麥德樂返澳時，給予了特別的優待。這次出使費用浩大，在澳葡萄牙人共拿出了3萬両銀子，其中澳葡當局承擔了2.5萬両。

19世紀中葉澳葡藉機向清守軍報復並襲擊關閘的事件。1849年（清道光二十九年）的“關閘事件”，是關閘第二次遭受大規模進犯，且是遭受英、葡的水、陸夾攻。此次事件的引發，導火線是極力推行殖民擴張的澳督亞馬留（João Maria Ferreira do Amaral）被望廈龍田村民沈志亮等人刺殺。1849年8月22日，亞馬留被刺殺後，澳葡當局在英、美、法列強支持下，有恃無恐，藉此挑起事端，於8月28日早晨，由炮兵軍曹米士打基打率領100多名正規軍和20名志願軍，攜三門大炮，在快艇炮火支持下，對關閘發動進攻，戰事擴展到拱北北嶺，古關閘城樓被炮火轟毀。駐守關閘汛營的清軍兵力薄弱，由於援兵未到，面對來勢洶洶的葡兵，措手不及，不戰而退，關閘為葡兵佔據。在關閘事件中，葡兵1名重傷，清軍4人死亡，葡兵且將戰死的1名清兵的手臂和1名軍官首級砍下，作為戰利品，掛在竹竿上，帶返澳門，遊街示眾。經此一役，清軍退守前山寨。這是清王朝在澳門的主權地位受到嚴重挑戰的一次重大事件。