1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區， 經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。 當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年， 當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

葡萄牙在1974年“四•二五”革命成功後，新政府宣佈實行“非殖民化政策”，承認澳門是中國的領土，並向中華人民共和國表明態度，即承認只有一個中國，且於1975年1月宣佈與台灣國民黨政權斷交。同年，澳葡當局也開始在澳門進行一系列行政改革，葡萄牙撤走了駐澳門的軍隊，解散了陸軍司令部與海防司令部。為加強內部治安力量，另組織包括治安警察廳、水警稽查隊等在內的保安部隊。這些措施改善了澳門與內地，葡萄牙政府與中國政府的關係。1979年2月8日，中國政府與葡萄牙政府在法國巴黎簽署了兩國正式建立外交關係的聯合公報。公報宣稱：“兩國政府將根據互相尊重主權和領土完整、互不干涉內政和平等互利的原則維持其外交關係。”並決定自當日起建立大使級外交關係，在3個月內互派大使。關於澳門問題，葡萄牙政府承認，澳門是中國領土，目前由葡萄牙政府管理，澳門問題是歷史遺留下來的問題，在適當的時期，中葡兩國政府將通過友好協商來解決。中葡兩國建交在歷史上有着重要意義，它為最後和平解決歷史遺留的澳門問題打下了基礎。

澳葡當局鎮壓澳門居民事件。1966年11月，澳門氹仔居民自籌經費興建坊眾小學，因事先未向澳葡當局申請而自行架搭竹棚架，澳門市政當局派人強迫停工，當地居民不服，雙方對峙。11月15日，澳葡當局出動軍警毆打民眾，打傷34人。氹仔居民對此表示抗議，並提出5項要求。澳門各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳門各界代表為氹仔事件赴澳督府請願，澳葡當局派軍警毆打請願代表，致使45人受傷，激起澳門人民極大的憤慨，紛紛走上街頭，抗議當局的暴行，市內發生騷動，而澳葡當局不顧一切地鎮壓群眾，又造成3人死亡，63人受傷，製造了“一二• 三”血案。事後，澳門各界舉行罷工罷市，憤怒群眾將紀念曾於1849年率葡軍侵略中國“有功”而豎立於市政廳前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）銅像拖倒，以表示強烈抗議。但澳葡當局無視群眾的抗議行動，繼續大規模鎮壓，在兩天內又打死8人，打傷107人。12月5日，澳門中華學生聯合會向澳葡當局提出5項嚴正要求，遭到拒絕。澳門人民的抗議行動，得到中國內地人民的支持。12月9日，廣東省人民政府外事處向澳葡當局提出4項嚴正要求，包括接受氹仔居民的5項要求和中華學生聯合會的5項要求，嚴懲兇手、賠償損失、不許蔣介石特務在澳門活動等等。12月11日，《人民日報》發表了題為《嚴厲警告澳門葡萄牙當局》的評論員文章。1967年1 月29日，澳葡當局被迫宣佈無條件接受所有要求，事件遂告平息。

見中葡關於澳門前途問題的談判。

澳葡當局鎮壓澳門居民事件。1966年11月，澳門氹仔居民自籌經費興建坊眾小學，因事先未向澳葡當局申請而自行架搭竹棚架，澳門市政當局派人強迫停工，當地居民不服，雙方對峙。11月15日，澳葡當局出動軍警毆打民眾，打傷34人。氹仔居民對此表示抗議，並提出5項要求。澳門各界代表亦支持氹仔居民的要求。12月3日，澳門各界代表為氹仔事件赴澳督府請願，澳葡當局派軍警毆打請願代表，致使45人受傷，激起澳門人民極大的憤慨，紛紛走上街頭，抗議當局的暴行，市內發生騷動，而澳葡當局不顧一切地鎮壓群眾，又造成3人死亡，63人受傷，製造了“一二•三”血案。事後，澳門各界舉行罷工罷市，憤怒群眾將紀念曾於1849年率葡軍侵略中國“有功”而豎立於市政廳前地美士基打（Vicente Nicolau de Mesquita）銅像拖倒，以表示強烈抗議。但澳葡當局無視群眾的抗議行動，繼續大規模鎮壓，在兩天內又打死8人，打傷107人。12月5日，澳門中華學生聯合會向澳葡當局提出5項嚴正要求，遭到拒絕。澳門人民的抗議行動，得到中國內地人民的支持。12月9日，廣東省人民政府外事處向澳葡當局提出4項嚴正要求，包括接受氹仔居民的5項要求和中華學生聯合會的5項要求，嚴懲兇手、賠償損失、不許蔣介石特務在澳門活動等等。12月11日，《人民日報》發表了題為《嚴厲警告澳門葡萄牙當局》的評論員文章。1967年1月29日，澳葡當局被迫宣佈無條件接受所有要求，事件遂告平息。

葡萄牙在1974年“四•二五”革命成功後，新政府宣佈實行“非殖民化政策”，承認澳門是中國的領土，並向中華人民共和國表明態度，即承認只有一個中國，且於1975年1月宣佈與台灣國民黨政權斷交。同年，澳葡當局也開始在澳門進行一系列行政改革，葡萄牙撤走了駐澳門的軍隊，解散了陸軍司令部與海防司令部。為加強內部治安力量，另組織包括治安警察廳、水警稽查隊等在內的保安部隊。這些措施改善了澳門與內地，葡萄牙政府與中國政府的關係。1979年2月8日，中國政府與葡萄牙政府在法國巴黎簽署了兩國正式建立外交關係的聯合公報。公報宣稱：“兩國政府將根據互相尊重主權和領土完整、互不干涉內政和平等互利的原則維持其外交關係。”並決定自當日起建立大使級外交關係，在3個月內互派大使。關於澳門問題，葡萄牙政府承認，澳門是中國領土，目前由葡萄牙政府管理，澳門問題是歷史遺留下來的問題，在適當的時期，中葡兩國政府將通過友好協商來解決。中葡兩國建交在歷史上有着重要意義，它為最後和平解決歷史遺留的澳門問題打下了基礎。

中葡談判解決澳門歷史問題。1986年5月30日，中葡兩國政府發表新聞公報，決定於6月最後一周在北京開始澳門問題的會談。中方代表團團長為外交部副部長周南，葡方代表團團長為駐聯合國常任代表梅迪納（Rui Medina）。首輪關於澳門前途的外交談判於1986年6月30至7月1日在北京舉行，中葡經歷了近9個月共四輪會談。1987年4月13日，葡萄牙政府總理席爾瓦（又譯施華高，Cavaco Silva）應邀訪華，在北京人民大會堂與中國國務院總理趙紫陽共同簽署《中葡聯合聲明》，從而圓滿解決了澳門問題。

1914年，老同盟會員朱執信返回廣東，準備發動討伐龍濟光之役。他與李海雲、鄧鏗等共同部署，以澳門為據點，積極策動香山的駐軍、綠林起義，未能成功。朱執信轉入澳門地下活動，利用當地的特殊條件，進行起義準備工作。1915年11月，朱執信加入中華革命黨，被孫中山任為中華革命軍廣東司令長官，負責廣東方面軍事，並得到孫中山撥給的大批經費，由張發奎、薛岳、李揚敬等人協助，在澳門秘密設立討龍軍事指揮機構，同時積極擴展中華革命黨組織。1916年1月，蔡鍔的雲南護國軍一路直逼廣西，龍濟光調派主力部隊前去堵截。朱執信抓住戰機，率領中華革命黨接連發動起義，但均遭龍濟光重兵鎮壓。3月7日，組織陳策、楊虎、馬伯麟等率領的敢死隊，在澳門乘“永固”號輪渡劫奪“肇和”號軍艦，亦告失敗。在屢遭挫敗後，朱信執仍不氣餒，他與陳炯明在澳門就統一軍事指揮等問題進行過多次會談，並在黨人的支持下，繼續堅持鬥爭。3月底，成功地發動了欽、廉、潮、汕等地駐軍起義，接着又與廣東護國軍一起發動了對廣州的會攻。後龍濟光被迫率領殘部逃往海南島，討龍之役基本獲得勝利。

當代葡萄牙國內發生的一次重大政局變動事件。1974年4月25日，葡萄牙一批不滿現狀的中下層尉官發動政變，推翻了卡埃塔的法西斯獨裁政權。5月15日，斯皮諾拉就任臨時政府總統，阿德利諾•帕爾馬•卡洛斯任總理。政變成功後，葡萄牙宣佈實行“非殖民化政策”，放棄在海外的殖民地，先後讓安哥拉和莫桑比克獨立。爾後，又宣稱澳門不是葡萄牙的殖民地，而是中國領土，是葡萄牙管理的特殊地區；不再把澳門當作殖民地或所謂“澳門省”，而另行制定“與其特殊情況相適應的章程”管理。1976年，葡萄牙公佈新憲法，推行現代民主政治制度，准許澳門享有內部的自治權；同年又頒佈了《澳門組織章程》。按照《葡萄牙共和國憲法》和《澳門組織章程》規定，澳門具有內部公權，享有行政、經濟、財政及立法自治權。從此，澳門的地位開始發生微妙的變化。

1839年9月3日（清道光十九年七月廿六日），欽差大臣林則徐偕同兩廣總督鄧廷楨，統領將備管帶弁兵巡閲澳門。當日，林則徐一行於早晨由前山整隊出發，入關閘，巡視澳門查禁鴉片。澳葡理事官率領4名軍官、100名士兵，在古關閘恭迎。林則徐一行，駐蓮峰廟正殿，接見澳葡理事官，向理事官申明禁令，諭以安分守法，不許囤貯鴉片，不許徇庇奸夷。接見後，林則徐賞給澳葡官員色綾、折扇、茶葉、冰糖等中華特產，賞給士兵牛、羊、酒、麵及銀元400元。接着，林則徐在蓮峰廟向天后、關帝神殿進香後，一行從三巴門進入澳門城區， 經大三巴牌坊、關前街、醫院街、水坑尾、南灣、紅窗門，至媽閣廟向天后進香，巡視了澳門主要街道。沿途督率隨員抽查洋樓、民房，見租賃給不法英商的房屋已經關閉，各座洋樓沒有煙土貯藏。巡視途中，居澳華民搭蓋牌樓，扶老攜幼，夾道歡呼。三巴、南灣、媽閣等澳葡炮台鳴炮十九響，以最高禮遇隆重歡迎。 當天中午，在澳葡官員護送下，林則徐一行離開澳門，返回前山、石岐。林則徐巡澳前已派員往澳門查戶口、銷鴉片，從澳門搜集外文資料編印成《澳門新聞紙》，這是中國近代史上最早的譯報和類似的參考消息。林則徐巡澳雖只3個時辰（6小時），但影響甚大，再次顯示中國政府對澳門享有主權。1989年為紀念林則徐巡閲澳門150周年， 當年12月初在澳門舉行慶祝大會和“林則徐與澳門”學術研討會，蓮峰廟值理會在廟前豎立林則徐紀念雕像，並於1997年在雕像旁建成林則徐紀念館。

19世紀初，海盜紅旗幫在張保仔的糾合下，隊伍不斷擴大，已擁有600多艘帆船，8萬餘人。廣東官兵屢次出戰，常被打得大敗。兩廣總督百齡與澳葡當局都有合作消滅海盜的意願。1809年（清嘉慶十四年）11月23 日，百齡派3名官員前往澳門，與澳葡地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）會商。雙方訂立臨時協議，決定由澳葡當局派出6艘100噸以上的武裝船，在澳門至虎門一帶配合中國水師圍剿海盜，為期6個月；中國政府提供8萬兩銀子作為裝備澳葡艦隊的經費。協議訂立後，澳葡當局很快即組建一支由6艘武裝船組成的澳門艦隊。艦隊司令阿爾科弗雷多上校乘坐的旗艦排水量達400噸，載有26門火炮，160名船員。其餘5艘武裝船共有150多門火炮，近600名船員。英國東印度公司澳門公司還免費為該艦隊提供了大量武器和彈藥。這支澳葡艦隊遂成為一支戰鬥力相當強的海上力量。

1821年（清道光元年），在歐美大陸資產階級革命運動的推動下，葡萄牙的資產階級民主革命運動進入高潮。由公民選舉產生的葡萄牙議會制定了君主立憲的憲法，下達了取消一切封建權利和義務的命令，在葡萄牙民主運動的影響下，澳門的葡萄牙人分成了敵對的兩派：一是以土著葡萄牙人為主體，有着強烈變革要求的立憲派，其首領為巴波沙（Paulino da Silva Barbosa）少校；一是以葡萄牙貴族官員為主體，力圖維護原有特權的保守派，其首領是地方長官亞利鴉架（Miguel Arriaga）。立憲派先是開展請願活動，抗議議事局無視市民的要求，提出恢復原來的議事局政體，免除澳門對果阿、帝汶的財政補貼，任用澳門土生葡萄牙人在當地文職機構及軍隊任職等一系列請求。澳葡當局被迫於1822年2月16日召集市民在市政廳舉行忠於憲法的宣誓。但他們對民眾所要求的改革並不準備實行。在這種形勢下，立憲派與澳葡當局，特別與保守派首領矛盾越來越尖鋭，並不時採取激烈行動，使亞利鴉架的人身安全受到很大的威脅。1822年8月中旬，澳門民主運動爆發。市民若瑟在8月17日議事局開會時，提交了一份由83位市民聯名的抗議書。這份抗議書指控亞利鴉架慫恿中國官員干預澳門事務，以維持自己的地位。亞利鴉架自知受到市民的普遍敵視，表示願意辭職。市議員向市民們宣佈了他辭職的消息，並表示準備進行一次新的選舉。8月19日，市民們舉行選舉大會。會上，立憲派與保守派發生尖鋭的衝突。保守派頭目卡瓦爾坎蒂（Cavalcanti）宣稱，這一會議沒有確定新政體的權力。與會的市民都被激怒，當即將他從窗口扔到街頭。這時，巴波沙登台演説，指出人民希望建立的是與憲法完全符合的政體。會議最後決定，重新恢復1784年（清乾隆四十九年）前的政體，授予新選出的議事局不受總督及地方長官控制的立法權、行政權和司法權。總督只能掌管軍事。亞利鴉架則被剝奪一切職務。9月12日，巴波沙又創辦了澳門有史以來的第一張報紙－《蜜蜂華報》。該報宗旨鼓吹立憲派各項主張，成為新政權的喉舌。澳門資產階級立憲派領導的民主運動進入高潮。被罷免的亞利鴉架並不甘心失敗，煽動總督阿爾布克爾克（Afonso de Albuquerque）發動政變。但很快被立憲派擊敗。1823年，葡印總督派“薩拉曼特拉”號巡洋艦運載一批士兵駛往澳門，旨在恢復舊政權，鎮壓澳門民主運動。由於中國政府的干涉，他們未敢輕舉妄動。9月23日凌晨，士兵在澳門偷偷登陸，沒有遇到任何抵抗，就進抵市政廳前的廣場，並逮捕了立憲派領袖巴波沙。隨後，保守派組織了政府委員會，來攝理總督職權，並將亞利鴉架官復原職。接着，他們大肆鎮壓立憲派，查封《蜜蜂華報》。與此同時，葡萄牙王子米格爾（Dom Miguel）也在本國發動政變，解散議會，廢除憲法，恢復其父若奧六世專制君主的權力。澳門保守派狂熱地歡呼這一場政變，他們宣誓效忠於君主專制政體，舉行了盛大的慶典和宴會。澳門民主運動遂因此而夭折。

繼西、葡、荷之後，英國成為最強盛的殖民國家。雖然葡、英間早於1661年訂有《梅吐英條約》，但這並未能避免這兩個盟國在歐洲以外的競爭、衝突。英國以履行條約之名，藉口幫助葡人守衛澳門，行圖佔之實。自1600年英國東印度公司成立之後，對葡萄牙人租佔下的澳門覬覦不斷。據統計，從1623年至1840年間曾發生10餘起英人圖佔澳門事件。其中以1808年事件最為嚴重。1807年“半島戰爭”中，法軍破里斯本，葡萄牙本土淪陷，王室出逃巴西避難。1808年8月，英印總督援引兩國間的攻守盟約，要求澳督同意英軍進駐澳門，以防法軍的可能進攻。此議遭澳門當時總督花利亞（Bernardo Aleixo de Lemos e Faria）拒絕後，英軍強行登陸並佔據砲台多座。澳門當局立即通過理事多有支持襄助。抗日戰爭期間，在澳門創辦兵災慈善會，被選為主席，首捐6000餘元為倡， 結果募集10餘萬金，為抗日救亡工作作出了貢獻。

鴉片戰爭後，葡萄牙政府和澳葡當局加緊對澳門地區的殖民擴張。亞馬留於1846年（清道光二十六年）4月21日抵澳門任總督，更加肆意踐踏中國政府在澳門的主權，拒交商税和地租，關閉中國在澳門的官署和驅趕中國在澳門的官員，強行拆屋挖墳，引起了中國人民的無比憤慨。香山望廈龍田村民沈志亮等人因先人骨殖被毁，於1849年8月22日與郭金堂、李寶、張根、郭洪、周玉和陳發等人經過周密的計劃，趁亞馬留於傍晚到望廈龍田村騎馬打鳥取樂之機，埋伏在距離關閘300米處，對其實施突襲，致其當場斃命。亞馬留的隨行副官也被砍傷，倉惶逃回澳門。沈志亮等人的英雄行動震撼了葡萄牙當局，他們立即對望廈等地居民採取報復，同時照會廣東政府嚴懲兇手。英、美、西等國領事館發表聲明支持澳葡當局。在帝國主義列強的壓力下，清政府屈膝妥協，將沈志亮殺害於前山，郭金堂發配充軍，並把亞馬留的殘肢交還葡方。香山和澳門人民厚葬沈志亮於前山寨城西門山坡（今前山鎮西門大街，山坡已毁），立碑“義士沈志亮之墓”，以誌欽敬追懷。

1849年（ 清道光二十九年）3月5日，澳督亞馬留宣佈澳門已成為自由港，勒令中國在澳門的海關停止辦公，遭到海關官員的駁斥後，便派兵封鎖中國在澳門的海關大門。3月13日，又率領數十名士兵釘閉澳門的中國海關，推倒關前懸掛中國旗幟的旗杆，驅逐海關官吏、丁役。兩廣總督徐廣縉當時正為廣州入城問題與英國人相持不下，又風聞亞馬留釘閉中國海關後即赴香港向英國借軍的消息，遂與粵海關監督基溥等會商，決定實行“以商制夷”的對策，即將澳門關口移往黃埔，在那裡另立碼頭，並命令在澳門的各大行店和零星小鋪全部遷去。澳門各商行接到兩廣總督的命令，紛紛攜帶家眷、伙計遷往黃埔。亞馬留雖然發公告要挾阻止，但未能制止殷實中國商人的離去，致使澳門街道荒涼、港口空索，出現一片蕭條景象。

明朝官兵在廣東新會沿海繫退葡軍的一次戰役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人別都盧率海艦5艘、部屬1000餘人入侵廣東新會西草灣，明備倭指柯榮、百戶王應恩等率軍反擊，擒其首領別都盧、疏世利等42人，斬首35人，繳獲葡船2艘， 均按海賊罪處死。西草灣之役明軍獲全勝，葡人從此逐漸放棄武力攻華之野心。

1744年（清乾隆九年），第一任澳門同知印光任走馬上任後，針對過去香山縣官府對澳門管轄不嚴的狀況，制定7條治澳的措施，以加強對澳葡的管理和對洋船進出港口的控制。其主要內容可歸納為4個方面：①加強稽查途經澳門、出入珠江的外國商船；②加強對在澳門的中國商販、工匠的管理；③加強對在澳葡萄牙人的管理；④協調附近駐軍對澳門地區的巡防。此後，他還制訂了有關禁止在澳的中外人販賣人口的詳細條例；對犯罪的葡人應如何審判、處刑的條例；重申了清政府禁止華人入敎的禁令，並採取了查捕來澳入敎、禮拜的華人，限令在澳的中國教民於一年內“首報回籍”等措施。

1661年（清順治十八年），清政府為消滅台灣鄭成功率領的抗清武裝，決定實行海禁， 封鎖台灣， 並頒佈遷海令，將粵、閩、浙等沿海地區居民遷入內地30里或50里。澳門亦在內遷之列。1662年，澳葡當局接到夷平各個炮台，以免被鄭成功佔據的命令。後因順治皇帝身邊的傳教士湯若望、龐迪我等人請願斡旋， 一再申稱“ 澳門有功於國”，並表示葡萄牙人自己能夠對付“海盜”，才使清政府收回成命，並將香山縣遷海之界線就劃在前山寨、北山、閘口一帶，澳門島始獲免遷。由於實行海禁，澳門反而受益，得以對外開放，繼續對外貿易，成為中國保持對外貿易聯繫的一個主要港口。