明朝官兵在广东新会沿海系退葡军的一次战役。1522年（明嘉靖元年），葡萄牙人别都卢率海舰5艘、部属1000余人入侵广东新会西草湾，明备倭指柯荣、百户王应恩等率军反击，擒其首领别都卢、疏世利等42人，斩首35人，缴获葡船2艘， 均按海贼罪处死。西草湾之役明军获全胜，葡人从此逐渐放弃武力攻华之野心。

1611年（明万历三十九年），由9艘战船组成的葡萄牙护航舰队抵达澳门，中国官府要这支船队照章交纳船税。指挥这支舰队的梅内泽斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）却以这些船只为王家兵船为由，拒绝纳税，并威胁中国官吏，必要时将以武力对抗。广东官府下令封澳，断绝对澳门的粮食供应，引起了当地葡萄牙人对梅内泽斯的不满，他们抓住几个船长，强迫船长向中国官府交税。梅内泽斯等继续抗拒，市民集结到议事亭，要议事局出面解决。最后，由议事局为舰队代交了4870两银子的船税才使风波平息。

明朝官员强行拆除澳葡当局在澳门非法修筑城墙的案件。1623年（明天启三年），澳葡当局没有获得明朝政府的允许，借口防御荷兰的进攻，在水坑尾三巴门间，建筑了一道城墙。城墙起于今西望洋山圣母堂附近，分东西两翼延伸，东翼城墙循东面山坡一直到烧灰炉台止；西翼城墙，则分南北两幅，南幅止于西望洋山圣母堂的西南山脊，北幅一直伸到妈阁庙的海镜石。明朝政府对于葡人的这种越权非法行为采取了坚决的行动，广东海道副使徐如珂首先通知澳葡当局拆毁这道城墙，澳葡不听。徐如珂即派中军领兵进驻澳门，自己也随军前往，并命令军队拆毁城墙。不到两天，城墙全部拆毁，澳葡不敢反抗。原城墙下的妈阁斜巷等街道，后人俗称为“万里长城”。

蔡善继，字伯达，浙江乌程人，明万历年间（1573～1620）任香山县知县。1608年（明万历三十六年），澳葡当局对一名首犯判刑，引起一部份葡人不服闹事，澳门陷入混乱，无法控制局面。蔡善继获知此事后，“ 单车驶澳”，亲自出面处理了这一宗案件，平息了骚乱。事后订出了《制澳十则》，警告葡人不得在澳门置物业、盖房屋；主张对澳门葡萄牙人严加管制，受到两广总督张鸣岗的采纳。蔡善继廉洁奉公，执法严明，使葡人无机可乘，在澳门葡人中享有很高的威信，其制澳事迹亦在香山县人民中广为流传。

1564年（明嘉靖四十三年）4月，潮州柘林水兵因缺饷断粮而哗变，变兵队伍在徐永泰等人率领下，联络其他一些武装，进抵虎门附近的三门海，对兵力空虚的广州构成严重威胁。为进一步打开中国大门，取悦于明朝政府，曾任濠镜（澳门）葡萄牙人首领的佩雷拉（Diogo Pereira）派人前往广州，向明将俞大猷表示，愿意帮助明政府镇压兵变。获得同意后，佩雷拉与中日贸易船队司令德梅洛（Luiz de Mello）率领300名葡萄牙士兵参战，分成两队，登上几艘装备有西式火炮的中国战船，直驶三门海，以突然袭击的战术，很快击败叛兵。此役生擒变612人，斩首不计其数。

1644年（清顺治元年），崇祯帝自尽，明王朝倾覆后，澳门葡萄牙人仍全力支持残存的南明政权的抗清事业。1645年3月，耶稣会士毕方济（François Sambias，1582～1649）奉南明福王之命前往澳门求援，受到澳葡当局的隆重接待。由于福王政府旋即覆亡，毕方济又向建立在福州的唐王政府表示忠诚，与信奉天主敎的太监庞天寿一起去澳门购炮请兵。葡萄牙人予以积极的支持，给他们提供了一批大炮，还选派了300名士兵。唐王政府则同意将对面山下的一块地方作为耶稣会士陆若汉的墓地，开始了葡人居留对面山的历史。不久，唐王政府被清军消灭，庞天寿就带这支葡萄牙军队去投奔建在桂林的桂王政府。葡萄牙的军事援助对于桂王政府的抗清起了很大的作用，多次击退清军，同时，耶稣会士也积极地在南明君主中传播天主教，南明君主纷纷皈依天主，太后、皇后及太子均入敎。1648年（南明永历二年），久病的太子在受洗后恰好病愈，王太后还派庞天寿前往澳门，请求耶稣会的司铎们举行弥撒大祭。10月17日，庞天寿入澳，各炮台鸣炮致敬，修道士们列队出迎。10月31日， 圣保罗敎堂为南明王室隆重地举行弥撒，弥撒结束，澳门总督又设宴款待使者，还赠送火枪100支作为给桂王政府的礼物。桂王政府也因之答应永远豁免每年500两的地租银，并豁免澳葡数年的船舶饷税。澳葡政府与南明政权一直保持着良好的关系，直至桂王政权的最后灭亡。

1604年（明万历三十二年），曾随利玛窦（Matteo Ricci，1552－1610）到过北京、南京的天主教传教士郭居静回到澳门。1606 年初，澳门传出流言说，耶稣会士勾结葡萄牙人、荷兰人和日本人，要杀在澳的中国人，然后用武力征服中国，并拥戴郭居静为皇帝。这一谣言迅速传遍全澳，使中国居民十分惊恐，纷纷返回内地，澳门仅剩下葡人及黑奴。两广总督戴耀闻知，亦很紧张，急忙下令调集军队，准备防御；并断绝与葡人的一切贸易，禁止将粮食运入澳门。澳门得不到粮食， 很快就出现严重的粮荒，澳葡当局急忙派出一个“最谦恭”的代表团， 去向戴耀表白并无入侵之事。经过各方调查，并派人招见郭居静和参观全澳的教堂、旅店、医院等，证实无战事迹象。于是，紧张局面得到缓和，中外贸易也恢复了正常状态。

17世纪初澳葡守军击败荷兰海军进犯澳门的一场战斗。葡人来澳不久，荷兰亦觊觎澳门。1601年（明万历二十九年），荷兰数次向明政府提出借地通商的要求， 均被拒绝。又于1601年和1604年两次进攻澳门，均未成功。1622年（明天启二年），荷兰大举侵澳，出动巴达维亚8艘战舰，并联合舰长苗活的4艘战舰，配备巨炮60 门，士兵1000人， 由荷兰提督赖啫臣（Kornelis Reyerszoon）统率，于6月10日出发，直奔澳门。6月21日，荷舰抵澳门海面。当时澳门守备力量仅50名火枪兵，100多名能执武器的土生葡人和三座配备不全的炮台。6月24日破晓，荷兰军舰猛轰嘉思栏炮台，炮台守军全力回击，当即击毁一艘。赖啫臣即率800名精锐部队在㓥狗环一带登陆，葡军凭借新挖战壕向荷军反击，赖啫臣腹部中弹返回，命卢芬（Hans Ruffijn）代他指挥。荷军在卢芬上校的指挥下很快占领龙环村、龙田村一线，被大龙泉、二龙泉汇合的坑水阻挡。葡方的伯多禄炮台发炮轰击，命中荷军火药车，使荷军死伤惨重。这时， 澳葡中日贸易船队司令萨门托（Lobo Sarmento de Carvalho）也亲临前线，并发出反攻命令，葡军、市民、修道士及黑奴们一起出击，特别是黑奴作战勇敢，奋不顾身，当场击毙卢芬，荷军全面崩溃。是役，荷军死136人，伤126人，其中11名校级军官，死伤的日本人和印尼人也达数百人，还有一名上校及一批士兵被俘。葡方伤亡极轻。澳门葡军获得了完全的胜利。为了纪念这一空前大捷，澳葡当局将6月24日定为澳门城市日。

市舶提举司，简称市舶司，是明朝管理海外贸易的机构。明朝政府担心让外国商船直接停泊在广州，会对省会安全构成威胁。于是，在正德年间将市舶司的“泊口”（即外国船只的停泊港口）由广州移到电白县。由于电白县不是传统的对外贸易港口，不利于中外贸易的正常往来，东南亚各国商人，于是集结于香山、东莞、新宁县各澳，而聚于浪白澳者尤多。但浪白澳风高浪大，水土甚恶，难以久驻，而澳门则比较合适。广东当局遂于1535年（嘉靖十四年）将市舶司泊口迁移至香山境内的濠镜澳，澳门从此开埠。葡萄牙商人贿赂指挥黄庆（又作黄琼），得以在澳门沿岸停泊船只，进行贸易。

1574年（明万历二年），明朝政府在澳门半岛与内地相连的沙堤——莲花茎的中段（今关闸马路中段），设置关闸一事，史称“茎半设闸”。此座中式城楼形式的关闸，位于澳门与内地之间的险要处，扼内地通往澳门的陆上咽喉。开始时每5日开启一次，设官兵把守，成为限制民夷出入之要隘。后逐渐成了一个重要关卡，至清代则由几日开启一次变成日日开启的“官关”。1673年（清康熙十二年）改为“关闸汛营”，由前山派兵驻守。至道光年间（1821～1850）林则徐任钦差大臣时，关闸更由重兵镇守。后来，关闸变成了边界，不仅限制洋人出入境，更禁止居澳葡萄牙人擅自越过关闸到前山打鸟。1849年的关闸事件中，关闸城楼首次被葡兵占领，延至1870年（清同治九年），澳葡当局竟将关闸城楼拆毁，夷为平地。莲花茎古关闸存世近300年，只余关闸城楼刻着“关闸门”3个字的匾额，迄今仍镶嵌在民政总署大楼入口大堂的墙上作为古关闸的唯一证物，也成为殖民扩张的历史见证。

朱印船即指1592年（明万历二十年）至1639年（明崇祯十二年）间持有幕府将军朱红印执照、可以从事海外贸易的日本商船。1608年11月30日，一艘日本“朱印船”的船员在澳门的码头上与葡萄牙人发生纠纷，接着，他们上岸寻衅，打伤了前来劝解的澳葡官员。澳葡中日贸易船队司令佩索阿（AndréPessoa）和愤怒的士兵、市民一起进行反击，杀死、俘获近百名日本船员。1609年秋，消息传到日本，日本政府决定惩罚正在长崎进行贸易的佩索阿。他们调集军队于1610年1月3日对佩索阿的船队发动围攻。战斗持续四日，直到1月6日晚， 最后，佩索阿点燃船上的火药库将自己连同价值上百万的金银和近3000担生丝全部炸沉海底，事件遂告平息。

1580年（明万历八年），居澳葡萄牙人擅自选举首席法官，并在当地实施葡萄牙法律。1582年新任两广总督陈端奉朝廷之命，前来查办这一事件。陈瑞先传令澳葡地方长官，即中日贸易船队司令米兰达（Aires Gonsalves de Miranda）和萨（D. Leonardo de Sá ）主教，前往两广总督驻地肇庆。澳葡派出与中国官员关系密切的司法官本涅拉（Mattia Penella）和传教士罗明坚（Michele Ruggieri）作为代表去与总督周旋。在参见陈瑞时表示，居澳葡人无论是过去还是现在总是中国皇帝的顺民，并承认两广总督殿下是他们的保护者，恳请总督对他们加以扶助及慈爱。接着又把随身带去的一批天鹅绒、水晶镜等总值超过1000金币的厚礼送给陈瑞。于是陈瑞便吿诉他们可以在澳门继续居留，但必须服从中国官员的管辖。

1614年（明万历四十二年），两广总督张鸣岗根据海道副使俞安性的建议，为便于对居澳葡人进行管理，将澳门葡萄牙人聚居地方编街道号码，定立门籍，逐项登记。做法是在葡人居住的大街上树高栅，挂榜书“ 畏威怀德”4字。又以《尚书•旅獒》篇中“明王慎德，四夷咸宾，无有远迩，毕献方物，服食器用”20字，分别作为门号，分为东10号、西10号，防止奸人进入；同时还禁止葡人在居留地内私藏武器、弹药，并由在澳门的中国官员对当地房屋进行认真搜查。

1611年（明万历三十九年），由9艘战船组成的葡萄牙护航舰队抵达澳门，中国官府要这支船队照章交纳船税。指挥这支舰队的梅内泽斯（Dom Diogo de Vasconcelos de Menezes）却以这些船只为王家兵船为由，拒绝纳税，并威胁中国官吏，必要时将以武力对抗。广东官府下令封澳，断绝对澳门的粮食供应，引起了当地葡萄牙人对梅内泽斯的不满，他们抓住几个船长，强迫船长向中国官府交税。梅内泽斯等继续抗拒，市民集结到议事亭，要议事局出面解决。最后，由议事局为舰队代交了4870两银子的船税才使风波平息。